计算化学公社

标题: 根据溶液环境计算RESP电荷对于模拟结果的影响求助 [打印本页]

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2024-6-19 23:05
标题: 根据溶液环境计算RESP电荷对于模拟结果的影响求助
如题。
各位前辈，想知道模拟溶液中的组装行为，计算分子的RESP电荷时，必须使用隐式溶剂么？
因为体系由水和有机溶剂混合组成，Gaussian里不太好用隐式溶剂模型来计算。
此外，在GROMACS里，蛋白的各种残基的电荷都是一定的，是不是没有考虑到溶剂环境的不同？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-19 23:15
必须使用
分子主要出现在哪一相，溶剂模型就描述哪种溶剂。如果分子对两种溶剂没有特别的亲合性差异，就定义混合溶剂。

除了情况复杂的HIS外，pdb2gmx是根据残基在模型体系中的pKa，按照处于中性水环境的情况确定的质子化状态

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2024-6-19 23:31

sobereva 发表于 2024-6-19 23:15
必须使用
分子主要出现在哪一相，溶剂模型就描述哪种溶剂。如果分子对两种溶剂没有特别的亲合性差异，就定 ...

谢谢社长！
溶剂模型用SMD是否更好呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-20 00:30

社会主义小战士发表于 2024-6-19 23:31
谢谢社长！
溶剂模型用SMD是否更好呢？

相对于Gaussian默认的IEFPCM对当前目的没任何额外的优势

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2024-6-20 13:57

sobereva 发表于 2024-6-20 00:30
相对于Gaussian默认的IEFPCM对当前目的没任何额外的优势

谢谢社长！

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