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标题: VMD显示键长与夹角？ [打印本页]

作者
Author: dashuo 时间: 2016-12-10 20:39
标题: VMD显示键长与夹角？
本帖最后由 dashuo 于 2016-12-10 21:32 编辑

sob老师好，sob老师讲过了在vmd中显示原子与编号的方法，收益很大，请问用vmd如何显示原子间键长大小、键夹角，及二面角大小呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-12-10 23:19
mouse-label，选相应选项，然后点相应数目的原子

作者
Author: dashuo 时间: 2016-12-10 23:24
多谢sob老师。

作者
Author: dashuo 时间: 2016-12-13 01:23
请问sob老师，在vmd中，能否实现从一个原子做垂直另几个原子构成的面的垂线，并显示垂距。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-12-13 01:29

dashuo 发表于 2016-12-13 01:23
请问sob老师，在vmd中，能否实现从一个原子做垂直另几个原子构成的面的垂线，并显示垂距。

直接做不了，你得自己写tcl脚本

作者
Author: dashuo 时间: 2016-12-13 01:37
sob老师，脚本我会下去学习一段时间，实现一个原子到另三个原子面的脚本复杂吗，您方便写个通用脚本吗。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-12-13 03:35

dashuo 发表于 2016-12-13 01:37
sob老师，脚本我会下去学习一段时间，实现一个原子到另三个原子面的脚本复杂吗，您方便写个通用脚本吗。

我实在太忙没时间弄，基本算法你看看同济高数的末尾，有立体解析几何，稍微看一下就会。或者看此文http://sobereva.com/178，里面方法1当中给了计算一个点垂直投影到一个平面的小程序，把这两个点间距离一算就行了。

tcl语言很好学，稍微学几个小时就会。

作者
Author: dashuo 时间: 2016-12-13 07:17
谢谢sob老师。

作者
Author: dashuo 时间: 2016-12-13 11:44
sob老师，从vmd中提取原子坐标，带入您上面提到的方法，求得了垂距，单位是什么，如何转化成埃。还有另一个问题，在vmd中上下两部分原子团簇，在display时，放大图像时，上面的原子放大更多，如何实现同比例放大呢。

作者
Author: dashuo 时间: 2016-12-13 13:57
本帖最后由 dashuo 于 2016-12-13 18:00 编辑

sob老师，上面垂距值是Bohr吧？请问是1bohr对应0.529177埃吧，即氢第一波尔半径。显示时选orthographic，就一起变了啊。

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