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标题: 求助，sobtop生成的MMFF94电荷对两性离子聚合物电荷的重现性如何？ [打印本页]

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Author: MGRACE 时间: 2024-6-22 10:29
标题: 求助，sobtop生成的MMFF94电荷对两性离子聚合物电荷的重现性如何？
material studio建模如图的两性离子聚合物，想要使用sobtop生成拓扑后利用gromacs进行模拟，有以下几个疑问，请各位老师指导
1.MMFF94电荷对ci聚合物的静电势重现性如何？如果要考虑形成的水化层够精确吗？
2.如果替换为resp电荷，使用Gaussian09优化，选择6-31*+隐式溶剂+色散校正是否合理？能否改成pm6d3+隐式溶剂用来节省时间？（没深入了解过量化计算，如有错误请各位老师见谅）
3.对于该聚合物对侧链和主链分别优化后，使用multiwfn电荷约束使用合适基团封端后使得侧链电荷和主链电荷分别为0是否合理？
4.sobtop基于GAFF力场指认原子类型和力场参数仅依赖于连接关系，是否可以认为将没优化后的结构提交sobtop同时使用resp电荷也是合理的？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-22 23:31
1 能凑合用。多精确算不上
2 没有叫6-31*的基组。除非体系真的大到DFT优化不动，否则没有理由用半经验。直接B3LYP-D3(BJ)/6-311G*带着隐式溶剂模型优化
3 没有分别优化的理由。也没有让侧链和电荷分别为0的道理。你只需要让重复单元的净电荷为0。
3 是

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Author: MGRACE 时间: 2024-6-23 00:00
本帖最后由 MGRACE 于 2024-6-23 00:10 编辑

sobereva 发表于 2024-6-22 23:31
1 能凑合用。多精确算不上
2 没有叫6-31*的基组。除非体系真的大到DFT优化不动，否则没有理由用半经验。直 ...

好的，谢谢老师，就是第二点还有些疑问，因为是个人电脑算，g09分配的核数4和内存1400MB，之前也尝试过用您后面推荐的基组优化过78个原子结果算了两天都没有收敛，也阅读过您的一些博文，但感觉并没有加快收敛，所以想尝试下半经验的方法。

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Author: sobereva 时间: 2024-6-23 00:23

MGRACE 发表于 2024-6-23 00:00
好的，谢谢老师，就是第二点还有些疑问，因为是个人电脑算，g09分配的核数4和内存1400MB，之前也尝试过用 ...

如果只有这么弱的机子可以用，那就只能用半经验

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