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标题: 计算多条相同链的温敏特性，周期性边界问题处理 [打印本页]

作者
Author: byj5213344 时间: 2024-6-22 10:57
标题: 计算多条相同链的温敏特性，周期性边界问题处理
各位老师好，我计算的体系是多条相同链的温敏特性，请问我使用gmx trjconv 对轨迹进行处理代码如下
gmx trjconv -s eq.tpr -f eq.xtc -o mol-eq.xtc -pbc mol 输出选择0系统
观察轨迹出现分子跳边界问题
gmx trjconv -s eq.tpr -f mol-eq.xtc -pbc cluster -o mol-eq-cluster.xtc cluster选择non-Water 输出选择0 系统
观察发现溶质一部分跑出盒子外了
居中处理gmx trjconv -s eq.tpr -f mol-eq-cluster.xtc -center -o mol-eq-cluster-center.xtc center选择non-water 输出选择系统发现仍然有溶质穿越盒子回来
最后的mol-eq-cluster-center.xtc 中在169帧与170帧之间仍然出现穿越盒子的问题，还有什么方法吗？
以及计算rmsd时是否可以用-pbc nojump时的xtc计算统计其他数据用-pbc mol的xtc

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-22 23:09
不要自己在标体系里手写[GROMACS]，给你去了，以后注意！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-22 23:26
那叫命令，不叫代码，又不是写源代码

搞清楚-pbc cluster是什么意思，哪能整个体系当做一个cluster，此时和-nojump效果几乎一样

把你不想被盒子截断的部分一起定义为一个索引组，用-pbc cluster时选上这个组

作者
Author: byj5213344 时间: 2024-6-23 09:03
本帖最后由 byj5213344 于 2024-6-23 09:19 编辑

感谢sob老师的建议，我下次发帖注意，
有个问题，我用-pbc cluster 选择的是非水部分就是我不想被截断的索引组，因为我模拟的体系是水+多条纤维素链，不想其中的纤维素链穿越盒子引起计算纤维素链rmsd时较大的波动，在第二步选择cluster出现好多纤维素链在盒子外面的情况，我第三步进行居中出现了169帧和170帧有一条链穿越盒子的问题，既然我已经-pbc cluster了，为什么居中还会出现穿越盒子的行为？

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