计算化学公社

标题: 求助,使用Gaussian16+Multiwfn脚本计算RESP电荷报错 [打印本页]

作者
Author:
YuniJ    时间: 2024-6-23 10:37
标题: 求助,使用Gaussian16+Multiwfn脚本计算RESP电荷报错
前提:将聚合物和蛋白质的连接区域“抠“出来后通过sobtop产生基本拓扑信息以模拟聚合物定点修饰到蛋白
问题:然后使用Gaussian16+Multiwfn(3.8dev-Linux_noGUI)脚本计算RESP电荷提示:
%chk=gau.chk
------------------------------------------------------
# B3LYP/def2SVP em=GD3BJ opt=loose scrf(solvent=water)
------------------------------------------------------
1/7=-1,18=20,19=15,26=3,38=1/1,3;
2/9=110,12=2,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=43,7=101,11=2,25=1,30=1,70=2201,71=1,72=1,74=-5,124=41/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5,53=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
7//1,2,3,16;
1/7=-1,18=20,19=15,26=3/3(2);
2/9=110/2;
99//99;
2/9=110/2;
3/5=43,7=101,11=2,25=1,30=1,70=2205,71=1,72=1,74=-5,124=41/1,2,3;
4/5=5,16=3,69=1/1;
5/5=2,38=5,53=1/2;
7//1,2,3,16;
1/7=-1,18=20,19=15,26=3/3(-5);
2/9=110/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1/1;
99/9=1/99;
----
test
----
Symbolic Z-matrix:
Charge =  0 Multiplicity = 1


Input Error Input Error Input Error Input Error Input Error Input Error

There are no atoms in this input structure !

Please fix the molecule specification section of your input and try again.

Input Error Input Error Input Error Input Error Input Error Input Error

请问应该如何解决这个问题,相关文件已上传
补充:考虑到将聚合物末端的C定点修饰到蛋白质的氮端上,移除了聚合物末端C连接的3个H原子
作者
Author:
sobereva    时间: 2024-6-23 13:40
结构一看就不合理,不仅有很多原子悬着,而且还有原子重叠了,显然计算毫无意义

结合基本化学常识判断结构没问题再去计算





欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3