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标题: 请问进行表面活性剂的分子动力学模拟时，更适合用什么水模型？ [打印本页]

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Author: 呀芽芽 时间: 2024-6-23 19:22
标题: 请问进行表面活性剂的分子动力学模拟时，更适合用什么水模型？
请问进行通过GROMACS进行表面活性剂在油水界面上的的分子动力学模拟时，更适合用什么水模型？有必要用OPC 吗？我看相关文献大多数都是用的SPC/E，但是我看完“一篇迄今几乎所有水模型精度的横测文章（JCIM,2021）”这篇文章发现SPC/E与实验表面张力表现出较差的一致性，综合最好的是OPC，包括科音培训班也说目前最好的是OPC模型。我就想问研究者到底应该怎样在精度要求和计算成本之间做出权衡，做出的选择又对研究结果可能会产生什么影响呢？不同水模型所需计算资源，包括内存需求、计算时间和可能的硬件要求有很必要很清晰的区分吗？我还看到过有人说TIP4P和SPC/E水模型可能更适合模拟水-油界面，这是为什么呢？明明这两种水模型和实验表面张力都表现出较差的一致性。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-24 01:14
嫌四点水模型OPC贵就用最好的三点水模型OPC3
“TIP4P和SPC/E水模型可能更适合模拟水-油界面”在我来看只是一家之言，除非做过全面的测试，否则没法在没有前提的情况下说“更”

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Author: 呀芽芽 时间: 2024-6-24 09:35

sobereva 发表于 2024-6-24 01:14
嫌四点水模型OPC贵就用最好的三点水模型OPC3
“TIP4P和SPC/E水模型可能更适合模拟水-油界面”在我来看只是 ...

谢谢老师，我打算用OPC3模拟。但我想问一下您说的OPC贵指的是哪些方面啊？

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Author: sobereva 时间: 2024-6-25 02:02

呀芽芽发表于 2024-6-24 09:35
谢谢老师，我打算用OPC3模拟。但我想问一下您说的OPC贵指的是哪些方面啊？

四点水模型

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