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标题: 为了判断蛋白与离子的结合情况，RMSD应该如何选择 [打印本页]

作者
Author: Willow0114 时间: 2024-6-23 20:17
标题: 为了判断蛋白与离子的结合情况，RMSD应该如何选择
我模拟体系中有蛋白质，钙离子和磷酸根离子。模拟过程中钙会和磷酸根结合，同时还会和蛋白质结合，我想用RMSD分析钙磷结合后与蛋白质的结合情况，我应该如何选择least squares fit和RMSD calculation呢？另外least squares fit里一般选择Backbone，我想知道这个和选择Protein之间有什么区别？谢谢大家！（附贴索引表）

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-24 02:03
而且问题跟RMSD没直接关系。RMSD不直接体现结合情况

Protein包括侧链和主链。backbone只有主链中的骨架原子

作者
Author: Willow0114 时间: 2024-6-24 08:47
那老师，我应该如何判断钙磷与蛋白质的结合已经达到一个稳定的状态呢

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-6-24 11:06

Willow0114 发表于 2024-6-24 08:47
那老师，我应该如何判断钙磷与蛋白质的结合已经达到一个稳定的状态呢

可以考虑用pairdist计算钙磷与结合位点对应的氨基酸的距离，如果结构稳定后相当长的一段时间内钙磷和结合位点残基保持较小的距离，且这个距离基本不会有什么大的变化，就可以认为钙磷被稳定在对应的结合位点上

作者
Author: 低调的板凳 时间: 2024-6-24 11:11
体系总共10个钙，建议直接观察轨迹一个个分析，同时分析10个钙的数据的话估计得不到啥有效信息

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