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标题: 构造二聚体第一溶剂层的问题 [打印本页]

作者
Author: qyl 时间: 2024-6-23 20:48
标题: 构造二聚体第一溶剂层的问题
想用VMD扣出第一溶剂层的团簇构型，可以建造只有一个二聚体分子的水盒子进行模拟进而得到第一溶剂层团簇构型，还是说建造一定二聚体个数的水盒子得到第一溶剂层团簇构型，这两种做法哪个合适呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-24 02:07
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “二聚体第一溶剂层” 改了，以后务必注意！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-24 02:16
前者可以
后者意义不明

作者
Author: qyl 时间: 2024-6-24 09:15
本帖最后由 qyl 于 2024-6-24 09:19 编辑

sobereva 发表于 2024-6-24 02:16
前者可以
后者意义不明

谢谢老师，后者想表达的意思是在用gromacs在跑动力学求二聚体分子的第一溶剂层时，创建水盒子时需要添加多个数目的二聚体分子吗？或者只需要模拟一个二聚体分子的水盒子就足够呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-25 02:05

qyl 发表于 2024-6-24 09:15
谢谢老师，后者想表达的意思是在用gromacs在跑动力学求二聚体分子的第一溶剂层时，创建水盒子时需要添加 ...

一个就够

作者
Author: qyl 时间: 2024-6-25 20:53

sobereva 发表于 2024-6-25 02:05
一个就够

好哒，谢谢老师

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