计算化学公社

标题: 用HBCalculator分析氢键一直无法运算，还会导致电脑死机 [打印本页]

作者
Author: ljs 时间: 2024-6-24 19:46
标题: 用HBCalculator分析氢键一直无法运算，还会导致电脑死机
我看来一篇文章，他写了一个分析氢键的软件，然后我用他的例子可以使用，但是算我自己的无法算，总会算第一步，然后就一直卡着，文章在附件。

作者
Author: ljs 时间: 2024-6-24 19:47
想请各位老师帮我看看是什么问题

作者
Author: lucky1999 时间: 2024-6-24 21:48
之前看过这篇文章，是不是你的体系中原子数太多了从而计算卡住了？可以把你的gro与xtc文件也传上来。

作者
Author: ljs 时间: 2024-6-24 22:34
我发现我只有设置氢键的距离小于2.5的时候才可以跑。大一点都不行。
gro,和xtc

作者
Author: ljs 时间: 2024-6-24 22:35
抱歉，体系太大了，上传不了

作者
Author: ljs 时间: 2024-6-24 22:39
我之前也感觉可能是体系大，给他卡住了，但是我调小了范围，他也会继续卡，但是调了氢键的判断标准，就不会卡。但是我用他的例子的时候，就可以用4.0去算。这是可能是我力场的原因吗？还是itp的原因？

作者
Author: ljs 时间: 2024-6-24 22:44
结构大概是这个样子

作者
Author: lucky1999 时间: 2024-6-24 23:34
按照你么说，我感觉就是你体系太大，处理的数据量太大而卡住了。你把cutoff设的比较小才能跑，是因为这种情况下判定氢键的标准较为严格，获得的氢键数目较少。而一旦你增加cutoff值后，对氢键的判定较为宽松，这样得到的氢键数量就很多。这应该跟力场关系不大。之前研究过这个程序的源代码，没发现什么问题。这个程序编写的主要思路就是先获得符合条件的氢键的列表，然后再从这个列表里取出每一个氢键进行相关的计算。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-25 05:54

ljs 发表于 2024-6-24 19:47
想请各位老师帮我看看是什么问题

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

过大的文件一律通过网盘方式提供

极小众程序的问题直接问作者效率是最高的

作者
Author: c00jsw00 时间: 2024-6-25 08:14
1.把 *.dat 移除..
2.重跑就可以了

作者
Author: ljs 时间: 2024-6-25 19:52
您好，我没明白您的意思，可以请您再讲讲吗？而且我发现我通过改变最大和最小的范围，并没有办法改变我的计算范围，我该怎么选择计算范围呢？谢谢您

作者
Author: ljs 时间: 2024-6-25 20:05
您看，当我设置高度为20时，他还是会出现200的值。

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