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标题: 二氧化碳模拟过程中分子团聚怎么解决？ [打印本页]

作者
Author: Tian_Rianna 时间: 2024-6-25 10:42
标题: 二氧化碳模拟过程中分子团聚怎么解决？
本帖最后由 Tian_Rianna 于 2024-6-25 10:41 编辑

老师们，我最近想用二氧化碳做气液（水）体系。
模拟过程中，二氧化碳选用EPM2势模型，分子量是根据15bar时气相CO2密度计算的。

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模拟结果：发现二氧化碳分子发生了不正常的团聚，如下图。无报错，只有一个WARNING: Using 'neigh_modify every 1 delay 0 check yes' setting during minimization (../min.cpp:187)
(, 下载次数 Times of downloads: 17)
调整尝试：关于这个问题尝试了更改建模方法（lammps自建模、moltemplate、packmol+moltemplate）、减小步长（0.1fs）、弛豫（nve）、换服务器等方法，均无法解决团聚问题；
只有忽视模型中的电荷，C、O均设为0时，解决了团聚问题。

提问：为保证模拟结果的准确性，是不是不能这样随意将电荷设为0？
如果不能的话，我应该怎么解决呢？

附件分别为in文件、data文件、模拟结果、改变电荷和弛豫的模拟结果。
这个问题困扰我很久了，还请各位老师帮忙批评指正！谢谢！

作者
Author: thor 时间: 2024-9-2 10:28
不能把电荷设为0，这对于CO2来说肯定不正确。添加刚体命令，设置CO2为刚体分子
fix nvt all rigid/nvt molecule temp 296.2 296.2 100.0

作者
Author: CHQQ 时间: 5 day ago
解决了吗，我也碰到这个问题了

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