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标题: 基于玻尔兹曼分布算出来的构象比例跟文献中不一样 [打印本页]

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Author: xujian 时间: 2016-12-12 20:36
标题: 基于玻尔兹曼分布算出来的构象比例跟文献中不一样
本帖最后由 xujian 于 2016-12-12 20:37 编辑

文献中的表格如下
(, 下载次数 Times of downloads: 28)

我根据如下公式（使用的是B3LYP的detaG）：
(, 下载次数 Times of downloads: 28)
得到298K时比例分别是68%、16%、10%和6%，478K时比例分别为52%、21%、16%、11%。跟文献中差距很大，不知道哪里错了，请高手指导一下，谢谢！

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Author: 三石草祭 时间: 2016-12-12 21:30
sob老师有个专门的帖子写玻尔兹曼分布的http://sobereva.com/165，一般算能量的方法是：先计算电子的能量然后计算频率把热力学矫正加进去，如果想精确计算的话需要用热力学组合的方法，我记得在老师的培训班中讲过：庸人的做法，体面人的做法....细节不记得了

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Author: sobereva 时间: 2016-12-12 23:04
波尔兹曼分布对于自由能的计算准确度极为敏感，自由能的一丁点不同都会导致比例相差不少
可能你和文献在计算上在一些细节部分处理不同，导致结果不同。文献也不代表就一定是对的

正确的计算气相和溶液中自由能的方法在此文里有详细说明：
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327

对于小体系，建议直接用热力学组合方法如CBS-QB3计算自由能，又方便又准。

作者
Author: xujian 时间: 2016-12-13 08:34

sobereva 发表于 2016-12-12 23:04
波尔兹曼分布对于自由能的计算准确度极为敏感，自由能的一丁点不同都会导致比例相差不少
可能你和文献在计 ...

谢谢sob老师

作者
Author: sofia 时间: 2017-11-25 16:03

sobereva 发表于 2016-12-12 23:04
波尔兹曼分布对于自由能的计算准确度极为敏感，自由能的一丁点不同都会导致比例相差不少
可能你和文献在计 ...

老师，如果体系很大，没办法计算自由能，是不是考虑玻尔兹曼分布就不合理了？正如您说的自由能的一丁点不同都会导致比例相差不少

作者
Author: sobereva 时间: 2017-11-25 16:12

sofia 发表于 2017-11-25 16:03
老师，如果体系很大，没办法计算自由能，是不是考虑玻尔兹曼分布就不合理了？正如您说的自由能的一丁点不 ...

如果振动分析确实做不动，那就没辙了，或者用电子能量近似作为自由能来计算分布比例

作者
Author: sofia 时间: 2017-11-25 20:18

sobereva 发表于 2017-11-25 16:12
如果振动分析确实做不动，那就没辙了，或者用电子能量近似作为自由能来计算分布比例

老师，您帖子中玻尔兹曼分布的公式的出处能够给出呢（是否有相应的参考文献），我在物化书中没有找到呢？
谢谢老师！

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Author: zjxitcc 时间: 2017-11-25 21:58

sofia 发表于 2017-11-25 20:18
老师，您帖子中玻尔兹曼分布的公式的出处能够给出呢（是否有相应的参考文献），我在物化书中没有找到呢？ ...

那你看的一定是假的物化书哈哈哈！随便找本物化或者统计热力学的书，上面都有写。只可能是找错书或者没认真看

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Author: sofia 时间: 2017-11-26 19:35

zjxitcc 发表于 2017-11-25 21:58
那你看的一定是假的物化书哈哈哈！随便找本物化或者统计热力学的书，上面都有写。只可能是找错书或者没认 ...

在物化书上找到了一部分，没有找到一模一样的公式，不知道在文章中怎么引用，而且书上写的是KT而不是RT

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Author: 赵云跳槽 时间: 2017-11-27 20:50

sofia 发表于 2017-11-26 19:35
在物化书上找到了一部分，没有找到一模一样的公式，不知道在文章中怎么引用，而且书上写的是KT而不是RT

这个取决于E用的单位，/mol的话就用R，单个分子的话就用k

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Author: sofia 时间: 2017-11-28 19:53

赵云跳槽发表于 2017-11-27 20:50
这个取决于E用的单位，/mol的话就用R，单个分子的话就用k

非常感谢！

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