计算化学公社

标题: 求vasp计算free energy样例和指导 [打印本页]

作者
Author: wolfli369 时间: 2024-6-25 17:32
标题: 求vasp计算free energy样例和指导
请问vasp计算了每一个结构的能量后，如何转化成free energy，使用什么软件。本人第一次使用vasp计算反应路径，请大家给我提供样例参考，还有提供详细的指导

作者
Author: 白皛白 时间: 2024-6-27 10:09
软件需要VASP，vaspkit，VESTA
1，固定一部分原子，以OOH*为例一般来说可以把除了OOH以外的原子全部固定，使用的POSCAR是之前优化好的结构，具体方法是使用vaspkit→402号功能→1（固定POSCAR）→1（通过原子列表选择）→输入要固定的原子的编号（编号可以在VESTA中查看）→all（三个方向都固定住）→生成POSCAR_FIX，确定POSCAR_FIX内容没问题后，mv POSCAR_FIX POSCAR。
2，修改INCAR，主要参数就是IBRION = 5以及NFREE = 2这两个，之后提交任务。
3，计算完成后，在提交任务的文件夹下，使用vaspkit→501号功能→输入温度（单位是k）。如果没问题的话会得到如图的输出，将其中的Thermal correction to G(T)这一栏的eV的能量加到结构的能量E上就可以了。

作者
Author: wolfli369 时间: 2024-6-27 21:22

白皛白发表于 2024-6-27 10:09
软件需要VASP，vaspkit，VESTA
1，固定一部分原子，以OOH*为例一般来说可以把除了OOH以外的原子全部固定， ...

非常感谢，步骤很详细，帮助真心大

作者
Author: leixiaocui 时间: 2025-11-24 15:15

白皛白发表于 2024-6-27 10:09
软件需要VASP，vaspkit，VESTA
1，固定一部分原子，以OOH*为例一般来说可以把除了OOH以外的原子全部固定， ...

您好，冒昧打扰，电催化在计算生成产物（以CO分子举例）的时候：1、是分开算把表面的能量加上co(孤立分子的能量）加和起来作为最后一步的自由能，2、还是优化一个把CO分子放在距离表面很远的POSCAR,整体优化直接得出能量呢？

作者
Author: shinnashiori 时间: 2025-11-25 10:09

leixiaocui 发表于 2025-11-24 15:15
您好，冒昧打扰，电催化在计算生成产物（以CO分子举例）的时候：1、是分开算把表面的能量加上co(孤立分子 ...

你看你是以哪一个状态为最后一步了~如果你认为 CO 的脱附这个过程不需要另算那就算一个吸附 CO 的结构；如果你是以脱附后的 clean 表面，那就 clean 表面加上 CO 的能量。比如我在做 OER 的时候，我算的中间体就是
* → *OH → *O → *OOH → *OO → *

作者
Author: 白皛白 时间: 2025-11-25 15:49

leixiaocui 发表于 2025-11-24 15:15
您好，冒昧打扰，电催化在计算生成产物（以CO分子举例）的时候：1、是分开算把表面的能量加上co(孤立分子 ...

理论上这两个方法得到的能量是完全一致的，孤立的气体分子等于是放到了距离表面∞远的位置。不过气体分子进行自由能校正时需要考虑气体的气压，如果常温是液体的话需要用到饱和蒸汽压，这需要使用VASPKIT的502功能。不过体系2经过频率计算后是没法使用502功能进行自由能校正的，因此实际操作中使用方法1是更合理的。

作者
Author: leixiaocui 时间: 2025-11-25 16:48

shinnashiori 发表于 2025-11-25 10:09
你看你是以哪一个状态为最后一步了~如果你认为 CO 的脱附这个过程不需要另算那就算一个吸附 CO 的结构； ...

好的好的！谢谢谢谢！

作者
Author: leixiaocui 时间: 2025-11-25 16:50

白皛白发表于 2025-11-25 15:49
理论上这两个方法得到的能量是完全一致的，孤立的气体分子等于是放到了距离表面∞远的位置。不过气体分子 ...

明白了，谢谢您，

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