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标题: 求助：超算跑mdrun出现Update groups can not be used for this system because th... [打印本页]

作者
Author: Changtx 时间: 2024-6-25 22:54
标题: 求助：超算跑mdrun出现Update groups can not be used for this system because th...
本帖最后由 Changtx 于 2024-6-25 22:54 编辑

新手小白，跑gromacs，体系是有机离子水溶液的分相模拟，通过packmol构建初始结构，进行em、100ps nvt、2ns npt 、10ns pro-md-npt，使用超算平台GPU版本2023.2，运行过程中出现下面的提示：Update groups can not be used for this system because there are three or more consecutively coupled constraints，程序还是可以正常跑完的，但想请问大家这段话对模拟的结果有没有影响，因为模拟的结果本来不该混溶的有机分子和水分子互溶了，后续又进行了30 ns npt ，还是没有改变，同时检查了自己的gro文件是轻原子跟在重原子后面的，各位老师赐教。
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下面是npt.mdp文件内容：
integrator             = md
dt                      = 0.001
nsteps                = 10000000

nstxout                = 50000
nstvout                = 50000
nstfout                = 50000
nstenergy             = 50000
nstlog                = 50000
energygrps             = System

nstlist                = 5
ns-type                = Grid
pbc                   = xyz
rlist                   = 1.0

coulombtype             = PME
pme_order             = 4
fourierspacing          = 0.16
rcoulomb                = 1.0
vdw-type                = Cut-off
rvdw                   = 1.0

Tcoupl                = v-rescale
tc-grps                = System
tau_t                   = 0.1
ref_t                   = 313.15

DispCorr                = EnerPres

; 压力耦合
Pcoupl                = Parrinello-Rahman ; Parrinello-Rahman控压器.
Pcoupltype             = Isotropic       ; isotropic 指盒子可以平均地向各个方向(x, y,z)膨胀或压缩以维持一定的压力. 进行膜模拟时需要用semiisotropic.
tau_p                   = 2.0             ; 压力耦合的时间常数(单位ps).
compressibility       = 4.5e-5          ; 溶剂的压缩系数(4.5e-5为水在300 K和标准大气压下的压缩系数).
ref_p                   = 1.0             ; 压力耦合的参考压力(单位bar, 1大气压约为0.983 bar).
refcoord_scaling       = com

gen_vel                = no             ; 不产生速度

constraints             = h-bonds
continuation          = yes
constraint_algorithm    = lincs
lincs_iter             = 1
lincs_order             = 4

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-26 03:36
对模拟结果没影响，只不过此时默认的-update gpu相当于关了，会损失GPU加速性能

作者
Author: Changtx 时间: 2024-6-26 13:01
那老师我想请问该如何把这个警告消除掉呢，还有就是我的力场是用OPLS-AA，经过LigParGen网站获得到的itp文件，可能是因为电荷我没有进行修改导致水分子和NHD（聚乙二醇二甲醚）混合，我看社长另一篇帖子说修改为1.2*CM5，您看可能是这方面出了问题吗？

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