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标题: 求助gromacs计算相互作用能得到的能量项的问题 [打印本页]

作者
Author: 动力学 时间: 2024-6-26 07:35
标题: 求助gromacs计算相互作用能得到的能量项的问题
各位老师，同学们好，我想在gromacs中计算相互作用能，我在md.mdp中定义了两个能量组为SINF和DMSO。在rerun之后，提取了这四项能量：Coul-SR、LJ-SR、Coul-14、LJ-14。这四项能量均有具体的数值。想问的问题是1-4作用只存在于分子内，分子之间的1-4项应该为0啊。为啥我提取出来的1-4项不为0啊。以下是我提取能量值。希望各位大佬予以解答。感谢感谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-28 05:25
要么当前版本有bug，要么两个组的定义牵扯到的原子有重叠

作者
Author: 动力学 时间: 2024-7-3 07:27

sobereva 发表于 2024-6-28 05:25
要么当前版本有bug，要么两个组的定义牵扯到的原子有重叠

谢谢老师指点明白了

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