计算化学公社

标题: Gaussian构建的gif文件怎样可以在MS中打开计算？ [打印本页]

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Author: lp2014 时间: 2016-12-12 22:07
标题: Gaussian构建的gif文件怎样可以在MS中打开计算？
在Gaussian中构建的有机分子吸附在TiO2团簇上（其中有机i分子进行了初步优化），想以此为结构基础在MS中Dmol3中优化，如何实现呢？
尝试过将gif文件转换为xyz文件，导入MS中，但首先在3D窗口中，显示的分子结构不完全，只显示8个原子，而且计算出错，并显示分子式是Lr8（其实我的分子式是Ti38O76）希望高手帮忙！！

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Author: 我本是个娃娃 时间: 2016-12-12 22:16
高斯保存时保存成.mol2格式，就可以被MS打开了

作者
Author: lp2014 时间: 2016-12-16 15:04

我本是个娃娃发表于 2016-12-12 22:16
高斯保存时保存成.mol2格式，就可以被MS打开了

的确mol2格式可以在MS中计算了，计算结束后，将优化后的Ti38O76分子坐标复制后，在Gaussian中打开并连接了有机分子，保存为mol2格式欲进行后续优化，可是MS中import时提示failed to import document（Invalid bond record at line， Bond has unsupported sybyl stype），该怎么解决呢？附件是出现这个问题的mol2文件，求指导！谢谢

作者
Author: 我本是个娃娃 时间: 2016-12-16 17:45

lp2014 发表于 2016-12-16 15:04
的确mol2格式可以在MS中计算了，计算结束后，将优化后的Ti38O76分子坐标复制后，在Gaussian中打开并连接 ...

用高斯View重新保存一次

作者
Author: lp2014 时间: 2016-12-17 10:06

我本是个娃娃发表于 2016-12-16 17:45
用高斯View重新保存一次

我不太明白是重新保存哪个文件？MS计算结束后的outmol应该是结果文件吧？但是Gaussian打不开，所以我就从outmol中复制了最后优化结束时的坐标，最后在Gaussian中打开并连接有机分子，是重新保存最后连接有机分子的mol2文件吗？但这个文件本来就是重新构建保存的，而且我试了重新保存仍然出现相同的错误。

作者
Author: 我本是个娃娃 时间: 2016-12-17 10:39

lp2014 发表于 2016-12-17 10:06
我不太明白是重新保存哪个文件？MS计算结束后的outmol应该是结果文件吧？但是Gaussian打不开，所以我 ...

把优化好的坐标导出成cif文件，然后用Gview保存成mol2文件，你再试试

作者
Author: szp12345 时间: 2017-3-14 09:37
mol2格式里面记录的有成键信息吗？以前下载晶体的CIF导入MS成键信息老是出错

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Author: sobereva 时间: 2017-3-14 18:49

szp12345 发表于 2017-3-14 09:37
mol2格式里面记录的有成键信息吗？以前下载晶体的CIF导入MS成键信息老是出错

标准的mol2格式有这样的信息，至于某些程序产生的mol2是否满足格式要求就不一定了

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