请教各位老师,学生在使用Gromacs基于Clayff力场跑pyrophyllite的分子动力学时,发现其中的bond参数缺失(附ffbonded和ffnonbonded.itp文件);
(力场参数文件从https://github.com/thomasunderwood/ClayFF获取,与JPCC, Cygan et al., 2021综述中一致)
我在实际跑完能量最小化得到tpr文件导入vmd也发现,Si-O四面体和Al-O八面体没有键连(附topol.tpr); (, 下载次数 Times of downloads: 20)
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我查阅了相关的clayff力场综述文章(JPCC, Cygan et al., 2021),在SI中看到这么一句话:“These M-O-H parameters can also be implemented as angle terms without associated bond terms, thereby bypassing the standard 1-3 or 1-4 bond exclusion rules.”,意思是不是说Clayff力场中没有定义bond项,而是用了angle项替代描述M-O的键连关系?