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标题: Clayff力场参数中bond项不描述Me-O成键该如何画图 [打印本页]

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晓声寒月    时间: 2024-6-26 09:30
标题: Clayff力场参数中bond项不描述Me-O成键该如何画图
本帖最后由 晓声寒月 于 2024-6-26 13:10 编辑

请教各位老师,学生在使用Gromacs基于Clayff力场跑pyrophyllite的分子动力学时,发现其中的bond参数缺失(附ffbonded和ffnonbonded.itp文件);
(力场参数文件从https://github.com/thomasunderwood/ClayFF获取,与JPCC, Cygan et al., 2021综述中一致)
我在实际跑完能量最小化得到tpr文件导入vmd也发现,Si-O四面体和Al-O八面体没有键连(附topol.tpr);
(, 下载次数 Times of downloads: 20)
我查阅了相关的clayff力场综述文章(JPCC, Cygan et al., 2021),在SI中看到这么一句话:“These M-O-H parameters can also be implemented as angle terms without associated bond terms, thereby bypassing the standard 1-3 or 1-4 bond exclusion rules.”,意思是不是说Clayff力场中没有定义bond项,而是用了angle项替代描述M-O的键连关系?

假如没有bond项,我想应该不会影响动力学运行过程,但应该如何合理的可视化呈现我构建的结构呢?是不是需要修改vmd的成键关系判定?



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tjuptz    时间: 2024-6-26 11:59
文章正文里都说了,只有羟基部分涉及成键作用,看看原文
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晓声寒月    时间: 2024-6-26 13:08
tjuptz 发表于 2024-6-26 11:59
文章正文里都说了,只有羟基部分涉及成键作用,看看原文

是的,我看到了。但主要是对这种方式(只描述羟基部分的成键而不描述M-O的成键)有点不太理解,另外我关注的重点在于,如果这样是ok的话,我该如何把跑出来的结构可视化,因为Si-O和Al-O没有成键关系所以导入vmd的效果如图pyrophyllite.jpg
抱歉可能我的标题有点误导性,我关注的重点不是参数的缺失,而是后续的画图\抱拳
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ys_song    时间: 2024-6-26 13:51
晓声寒月 发表于 2024-6-26 13:08
是的,我看到了。但主要是对这种方式(只描述羟基部分的成键而不描述M-O的成键)有点不太理解,另外我关 ...

see here: http://sobereva.com/534
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晓声寒月    时间: 2024-6-26 14:39
ys_song 发表于 2024-6-26 13:51
see here: http://sobereva.com/534

收到,感谢~
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ZMHZMH    时间: 2024-12-16 08:51
您好,我是第一次接触这个力场,这个力场具体是怎么生成的呢?或者可以推荐我先学些什么呢?感谢!





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