计算化学公社

标题: 求助：氢键受体的距离和氢键的距离 [打印本页]

作者
Author: charmm36 时间: 2024-6-26 10:15
标题: 求助：氢键受体的距离和氢键的距离
请教一下，Glide手册里提到软件里规定H氢键受体的距离在1.5到2.5埃之间，而我们通常讲氢键的距离在2.3到3.5埃（常规的在2.7到3.5之间，短的在2.3到2.7之间）之间，请问氢键受体距离和氢键距离怎么区别？

作者
Author: 低调的板凳 时间: 2024-6-26 10:30
这页面不是讲的是金属离子-配体的相互作用么。。。
H-acceptor氢键受体只是用来描述有孤对电子的N,O等原子而已，只有距离金属原子1.2- 2.5埃才会计算金属-配体相互作用。
跟常规的氢键没有半毛钱关系。。。

作者
Author: charmm36 时间: 2024-6-26 10:31
另外，有不少文章里氢键距离非常短，如Plant-derived compounds effectively inhibit the main protease of SARS-CoV-2: An in silico approach

Crossref DOI link: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0273341里蛋白质和配体有些氢键距离才1.56埃

作者
Author: charmm36 时间: 2024-6-26 10:39

低调的板凳发表于 2024-6-26 10:30
这页面不是讲的是金属离子-配体的相互作用么。。。
H-acceptor氢键受体只是用来描述有孤对电子的N,O等原子 ...

是的，谢谢。请教一下，蛋白质和配体氢键距离最小是多少?这个文章里In silico identification of potential SARS COV-2 20-O -methyltransferase inhibitor: fragment-based screening approach and MM-PBSAcalculationshttps://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2021/ra/d1ra01809d，配体AP2和蛋白质Asp6873之间形成氢键，距离才1.17埃，真有这么短距离的氢键吗？还望指教。非常感谢!

作者
Author: 低调的板凳 时间: 2024-6-26 11:14

charmm36 发表于 2024-6-26 10:39
是的，谢谢。请教一下，蛋白质和配体氢键距离最小是多少?这个文章里In silico identification of potenti ...

一般来说，我们常说的氢键距离2.3-3.5埃是指重原子之间的距离，而不是氢到重原子的距离，以水为例O-H···O的总长约2.7埃，其中O-H共价键差不多1埃，剩余H···O差不多1.7埃。

粗看了下文章中提到的那个键1.17埃应该是对接之后的数据，后续MD之后应该是1.5左右，然后文章表述的距离应该是指H···X原子这个距离（这点请仔细阅读确认）的话就是正常偏短一点的氢键了

作者
Author: charmm36 时间: 2024-6-26 16:12

低调的板凳发表于 2024-6-26 11:14
一般来说，我们常说的氢键距离2.3-3.5埃是指重原子之间的距离，而不是氢到重原子的距离，以水为例O-H·· ...

文章没有提到是重原子和H的距离，按理说，我们应该更关注重原子之间的氢键距离。对了，重原子和H的距离一般范围是多少呢？

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