计算化学公社

标题: GROMACS运行到grompp时gro与pdb坐标出现错误 [打印本页]

作者
Author: 王肖索 时间: 2024-6-26 10:41
标题: GROMACS运行到grompp时gro与pdb坐标出现错误
各位老师好，当我运行到grompp出现错误Fatal error:number of coordinates in coordinate file (boxw.gro, 111777)does not match topology (cpp_dppc.top, 112945)，它们相差1168，要怎么改啊？第一次运用这种程序，不太懂，请各位老师指教

作者
Author: 低调的板凳 时间: 2024-6-26 12:43
top文件[ molecules ]里面没有SOL啊

作者
Author: 王肖索 时间: 2024-6-26 14:35

低调的板凳发表于 2024-6-26 12:43
top文件[ molecules ]里面没有SOL啊

不好意思，我在看看我的文件

作者
Author: 王肖索 时间: 2024-6-26 16:50
标题: GROMACS运行grompp时gro和top不匹配
再一次发帖不好意思，改了一下文件运行到grompp出现错误Fatal error:number of coordinates in coordinate file (boxw.gro, 108645)does not match topology (cpp_dppc.top, 109681)它们相差1036，要怎么改？第一次运用这种程序，不太懂，请大佬指教

作者
Author: 王肖索 时间: 2024-6-26 16:53

低调的板凳发表于 2024-6-26 12:43
top文件[ molecules ]里面没有SOL啊

http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 0&fromuid=64665
不知道怎么再次发附件，也重新改了一下文件重新发了一个帖子，可以帮我看一下吗，感谢感谢

作者
Author: 低调的板凳 时间: 2024-6-26 17:32
你这差1036，然后POPC是518个，刚好两倍，建议检查引入POPC的相关文件。

作者
Author: 王肖索 时间: 2024-6-26 17:54

低调的板凳发表于 2024-6-26 17:32
你这差1036，然后POPC是518个，刚好两倍，建议检查引入POPC的相关文件。

好的我试一试

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-28 05:29

王肖索发表于 2024-6-26 16:50
再一次发帖不好意思，改了一下文件运行到grompp出现错误Fatal error:number of coordina ...

帖子有问题就重新编辑，别发两个帖子，严重扰乱论坛秩序。这次给你合并了

作者
Author: 暖身贴 时间: 2024-12-16 14:54

低调的板凳发表于 2024-6-26 12:43
top文件[ molecules ]里面没有SOL啊

想请问一下，这种没有SOL的问题怎么解决呀，是直接把gro文件中的SOL复制添加到top文件的[ molecules ]中嘛

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