计算化学公社

标题: Gaussian做旋光计算，无法得到结果 [打印本页]
作者
Author: HZ1314520    时间: 2024-6-26 13:30
标题: Gaussian做旋光计算，无法得到结果
本帖最后由 HZ1314520 于 2024-6-28 20:18 编辑

求高手指导，本人刚接触高斯计算，现在尝试一个化合物旋光计算。用Windows编辑脚本，在超云上进行作业提交，但是一直无法计算完成，不知道哪里出问题。

%nprocshared=64
%mem=200GB
%chk=HP-50-6.chk
# opt b3lyp/6-311+g(d,p) test EmpiricalDispersion=GD3

HP-50-6

0  1
C           0.04450         2.13170         2.43970
C          -0.47720         3.28990         1.87770
C          -1.44350         3.21100         0.85900
C          -1.89410         1.95870         0.42890
C          -1.40770         0.76610         0.99400
C          -0.41160         0.87720         1.98890
C          -1.99170         4.46490         0.23270
C          -1.28940         4.79740        -1.05340
C          -1.87770         5.42520        -2.06950
C          -1.98890        -0.51320         0.55000
C          -3.38020        -0.66090         0.52410
C          -3.98580        -1.84220         0.05930
C          -3.17900        -2.90330        -0.37840
C          -1.78840        -2.79370        -0.35160
C          -1.20020        -1.61230         0.11370
C          -5.44920        -1.98600         0.03520
C          -6.28720        -1.00120        -0.30640
C          -7.77800        -1.15310        -0.30220
O           0.14420        -1.41400         0.28340
O           0.17360        -0.18110         2.63050
C           1.21000        -2.22010        -0.38300
C           2.43040        -1.37180         0.06110
C           3.79510        -2.10170        -0.12300
C           3.72590        -3.47180         0.60010
C           2.55270        -4.32430         0.10580
C           1.21420        -3.60370         0.28860
C           2.45180         0.02560        -0.58000
C           3.54030         0.88750         0.08500
C           4.91630         0.20070        -0.00420
C           4.87980        -1.22410         0.56100
C           0.93330        -2.25830        -1.87480
C           3.58880         2.31940        -0.51770
C           3.93350         2.36870        -2.00950
C           2.31260         3.11200        -0.21860
O           4.68140         2.92900         0.21840
C           4.17800        -2.31630        -1.59630
H           2.29440        -1.21500         1.16970
O          -8.39870        -0.16340        -1.13710
H           0.79890         2.16520         3.22400
H          -0.13100         4.26230         2.22620
H          -2.63890         1.90170        -0.36660
H          -3.08690         4.36330         0.07290
H          -1.89000         5.32750         0.92870
H          -0.24120         4.49340        -1.09370
H          -1.36460         5.67570        -2.98600
H          -2.91110         5.73770        -2.06980
H          -4.00840         0.15750         0.88330
H          -3.63680        -3.82270        -0.74250
H          -1.16920        -3.62790        -0.68050
H          -5.81630        -2.97650         0.31750
H          -5.93900        -0.00850        -0.60040
H          -8.11620        -2.15480        -0.62620
H          -8.20630        -0.92640         0.69770
H           0.05200        -1.04410         2.13530
H           3.63640        -3.31440         1.69210
H           4.67460        -4.02050         0.45590
H           2.53220        -5.28550         0.65540
H           2.69770        -4.58880        -0.95990
H           0.99840        -3.47870         1.36950
H           0.38830        -4.23040        -0.10410
H           1.45590         0.49830        -0.44870
H           2.62680        -0.04680        -1.66810
H           3.28790         1.00560         1.17090
H           5.26650         0.18250        -1.05380
H           5.65850         0.81240         0.54970
H           5.87260        -1.69440         0.44080
H           4.69680        -1.18300         1.65160
H           0.12940        -2.95100        -2.14550
H           0.64130        -1.26800        -2.24950
H           1.83570        -2.56970        -2.42800
H           3.99660         3.39600        -2.38000
H           4.90490         1.89490        -2.19900
H           3.18320         1.84740        -2.61230
H           2.15700         3.20620         0.86500
H           1.42140         2.61650        -0.62290
H           2.34590         4.12230        -0.63390
H           4.78010         3.86730        -0.01010
H           4.32880        -1.35940        -2.11070
H           5.10960        -2.88340        -1.68600
H           3.40010        -2.86440        -2.14510
H          -8.08680        -0.25200        -2.05990











--link1--
%chk=HP-50-6
# polar=optrot b3lyp/6-311+g(d,p) scrf=(iefpcm,solvent=methanol) guess=read geom=allcheck test cphf=rdfreq

589nm







作者
Author: 乐平    时间: 2024-6-26 16:22
本帖最后由 乐平 于 2024-6-26 16:32 编辑

首先，第一步优化能量震荡了，可以说从 24 步开始后面的都是浪费时间…… 做几何优化的过程中一定要时不时看一下过程。别等到最后才看。

(, 下载次数 Times of downloads: 14)

几何优化的时候，没必要在基组里加弥散，先用下面的关键词做优化（从你的 log 文件看，你用的是 Gaussian09 E01，所以加上了 scf, int 这些选项）

#p B3LYP/def2svp em=GD3 opt(calcfc,tight) scf=tight int=ultrafine freq


其次，输入文件里  --link1--  前面空行太多，结果就是 --link1-- 完全没用…… --link1-- 前面应该只空一行

当然了，第一步几何优化都没正常结束，后面的 --link1-- 也不会计算。



作者
Author: HZ1314520    时间: 2024-6-26 19:07
乐平 发表于 2024-6-26 16:22
首先，第一步优化能量震荡了，可以说从 24 步开始后面的都是浪费时间…… 做几何优化的过程中一定要时不时 ...

好的，非常感谢您的建议，我试下看看
作者
Author: HZ1314520    时间: 2024-6-26 21:28
乐平 发表于 2024-6-26 16:22
首先，第一步优化能量震荡了，可以说从 24 步开始后面的都是浪费时间…… 做几何优化的过程中一定要时不时 ...

您好，我按照您的建议重新提交计算后还是报错了。劳烦您帮我在看看，实在是不懂计算。
作者
Author: 乐平    时间: 2024-6-26 22:38
HZ1314520 发表于 2024-6-26 21:28
您好，我按照您的建议重新提交计算后还是报错了。劳烦您帮我在看看，实在是不懂计算。

你可以在 log 文件里，从 51250 行  Normal termination of Gaussian 09 at Wed Jun 26 20:26:20 2024. 之后的内容先删掉。

然后用 GaussView 打开看结果。
几何优化和频率分析都正常结束了，而且频率分析也没有虚频。

后面的 --link1-- 的关键词需要重新思考一下
作者
Author: HZ1314520    时间: 2024-6-27 09:12
乐平 发表于 2024-6-26 22:38
你可以在 log 文件里，从 51250 行  Normal termination of Gaussian 09 at Wed Jun 26 20:26:20 2024.  ...

谢谢您的回复，我对计算懂的太少了，我之前做计算ECD这样都是正常的。第一次做计算旋光，啥也不会，恳请您能给我点建议。
作者
Author: 乐平    时间: 2024-6-27 11:48
本帖最后由 乐平 于 2024-6-27 12:03 编辑
HZ1314520 发表于 2024-6-27 09:12
谢谢您的回复，我对计算懂的太少了，我之前做计算ECD这样都是正常的。第一次做计算旋光，啥也不会，恳请 ...

我也没算过旋光，不过从最后的报错来看
  1. No perturbation frequencies on chk file.
复制代码


是读取 perturbation frequencies 有问题。

我试了试，发现不能用 geom=allcheck，也就是
  1. --link1--
  2. %chk=HP-50-3.chk
  3. # polar=optrot b3lyp/aug-cc-pVDZ scrf=(iefpcm,solvent=methanol) guess=read geom=allcheck test cphf=rdfreq

  5. 589nm
复制代码

不能这样写

而用 geom=check 可以读取 589nm 作为 perturbation frequencies 的输入，也就是
  1. --link1--
  2. %chk=HP-50-3.chk
  3. # polar=optrot b3lyp/aug-cc-pVDZ scrf=(iefpcm,solvent=methanol) guess=read geom=allcheck test cphf=rdfreq

  5. try polarization

  7. 0 1

  9. 589 nm
复制代码


你需要用 geom=check，然后空一行写 Title section，也就 try polarization 这一行。空一行，再写电荷和自旋多重度，也就是 0  1 这一行。再空一行，写 589nm，也就是激发波长。

【注意】我搜信息的时候，发现网页里 https://mattermodeling.stackexch ... -graphene-structure
写的和你的关键词比较相似，估计你也是看上面这个帖子模仿的吧？ 589nm 是你确定的波长吗？

--------------
一点建议。由于你前面已经完成了几何优化。下面的工作只需要读取优化好的结构。所以，你不需要重新优化了。只用将 --link1-- 下面的关键词作为新的输入文件即可。也就是说，新输入文件如下：


  1. %nprocshared=64
  2. %mem=200GB
  3. %oldchk=HP-50-3.chk
  4. %chk=HP-50_new.chk
  5. #p B3LYP/aug-cc-pVDZ scrf=(solvent=methanol) polar=optrot cphf=(Rdfreq,grid=ultrafine) int=ultrafine guess=read geom=check freq=raman

  7. try

  9. 0 1

  11. 589nm
复制代码



这里我用 %oldchk=HP-50-3.chk 来读取你前面优化后的结构，新的 .chk 文件保存在 %chk=HP-50_new.chk 里面。另外，增加了积分格点的精度。


----------
结果分析可以看 Gaussian 官网的例子，链接如下
http://thiele.ruc.dk/~spanget/help/g09/k_polar.htm

最后一段是针对设置了 589.3 nm 的结果





作者
Author: HZ1314520    时间: 2024-6-27 16:34
乐平 发表于 2024-6-27 11:48
我也没算过旋光，不过从最后的报错来看

您好，我按照您给的建议重新计算后，依旧报错， 我把文件上传给您看看。
作者
Author: 乐平    时间: 2024-6-27 20:11
HZ1314520 发表于 2024-6-27 16:34
您好，我按照您给的建议重新计算后，依旧报错， 我把文件上传给您看看。

看到报错不要怕，要注意看报错的原因。
.log 文件里写得很清楚，是 SCF 不收敛造成的
Convergence failure -- run terminated.

解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

作者
Author: HZ1314520    时间: 2024-6-28 08:46
乐平 发表于 2024-6-27 20:11
看到报错不要怕，要注意看报错的原因。
.log 文件里写得很清楚，是 SCF 不收敛造成的
Convergence fai ...

好的，感谢大神的指点，我再按照文中的方法试试。



欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3