计算化学公社

标题: 求助：使用martini力场官网推荐的mdp设置进行粗粒化模拟时，为什么total energy这么小 [打印本页]

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作者
Author: Paparazzi灬    时间: 2024-6-26 17:46
标题: 求助：使用martini力场官网推荐的mdp设置进行粗粒化模拟时，为什么total energy这么小
各位老师同学们好，最近我在使用martini力场进行有关多肽间的静电复合的粗粒化模拟时，遇到了使用gmx energy得到的total energy为正的奇怪情况。在论坛里寻找可能的原因时，看到某位老师说，使用martini力场时，mdp设置要严格和他们示例文件中一致，否则会影响势函数，于是我将coulombtype从PME改成了reaction-field，结果得到的total energy为 -6123.57 kJ/mol，这显然不合理，我想知道是哪里出现了问题。

以下是我使用的mdp设置：
title                    = Production Simulation
cpp                      = /lib/cpp

integrator               = md
tinit                    = 0      
dt               =  0.01   
nsteps           =  100000000

nstxout                  = 50000
nstvout                  = 50000
nstfout                  = 0     
nstlog                   = 2500  
nstenergy                = 2500
nstxtcout                = 2500  
energygrps               = Protein Non-Protein

nstlist                  = 5
ns-type                  = Grid
pbc                      = xyz
rlist                    = 0.9

coulombtype              = Reaction-Field
rcoulomb                 = 1.4
epsilon_rf               = 54
epsilon_r                = 1
vdw-type                 = Cut-off
rvdw                     = 1.4

Tcoupl                   = v-rescale
tc-grps                  = Protein  Non-Protein
tau_t                    = 0.1      0.1
ref_t                    = 300      300

Pcoupl                   = parrinello-rahman
Pcoupltype               = Isotropic
tau_p                    = 1.0
compressibility          = 4.5e-5
ref_p                    = 1.0

gen_vel                  = no

constraints              = H-bonds
constraint-algorithm     = Lincs
unconstrained-start      = yes
lincs-order              = 4
lincs-iter               = 1
lincs-warnangle          = 30

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作者
Author: MengJiangnan    时间: 2024-9-10 14:16
请问我在使用Martinize.py脚本时一直报错。 File "E:\MD\martinize.py-master\martinize.py-master\MAIN.py", line 71, in main
    for chain in chain_list:
NameError: name 'chain_list' is not defined，我能咨询一下老师您这是为什么吗？
我的命令是 python.exe ./martinize.py -f .\M67C4.pdb -o topol.top -ss EE -x protein_CG.pdb -name protein -ff martini22 -nt

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