计算化学公社

标题: 磷脂膜体系NVT，NPT后进行NVE报错 [打印本页]

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Author: LNN 时间: 2024-6-26 18:50
标题: 磷脂膜体系NVT，NPT后进行NVE报错
本帖最后由 LNN 于 2024-6-26 19:52 编辑

老师前辈们好，模拟磷脂双分子层体系，能量最小化，NVT，NPT都可以正常进行，使用双精度版本gromacs，控温控压后进行NVE，总是在NVE过程最后100s以内出现许多LINCS WARNING之后报错：
Some interactions seem to be assigned multiple times
搜索论坛后，sob老师说文件有重复定义的项，但是我这个体系NVT，NPT都可以正常运行的，请教大家有什么解决办法
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作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-28 05:37
检查轨迹最后部分看是否存在什么异常
如果没异常，尝试调节域分解的设置

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Author: LNN 时间: 2024-6-28 13:47

sobereva 发表于 2024-6-28 05:37
检查轨迹最后部分看是否存在什么异常
如果没异常，尝试调节域分解的设置

感谢sob老师回答，目前将NVE的mdp文件步长从0.02更改为0.001跑10ns是可以进行的，这样更改会有什么问题吗？
还有就是我想看NVE之后的能量曲线，一直是直线上升的，请问这是因为NVE模拟时间不足吗，想得到一个接近平稳的能量曲线来判断体系是否平衡。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-28 14:57

LNN 发表于 2024-6-28 13:47
感谢sob老师回答，目前将NVE的mdp文件步长从0.02更改为0.001跑10ns是可以进行的，这样更改会有什么问题吗 ...

除非用的是粗粒化力场，否则用0.02ps步长完全离谱，不崩都新鲜

由于非键相互作用和动力学积分计算误差，NVE过程也不会严格能量守恒。你这类体系我看不出有任何理由用NVE

作者
Author: LNN 时间: 2024-6-28 15:45

sobereva 发表于 2024-6-28 14:57
除非用的是粗粒化力场，否则用0.02ps步长完全离谱，不崩都新鲜

由于非键相互作用和动力学积分计算误差 ...

感谢sob老师解答，我确实用的粗粒化力场，因为我对体系Z方向施加0.2的电场观察体系出孔时间，打孔了几次，出孔时间相差十倍甚至更大，所以我考虑是不是体系没有平衡，也读了您的那篇《怎么判断分子动力学模拟是否到达了平衡》，我为了保证磷脂每脂表面积稳定在设置的值，将膜的可压缩系数设置为0，所以考虑计算能量来观察是否平衡，所以使用了NVE，请问老师为什么出孔时间结果相差很大呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-28 18:16

LNN 发表于 2024-6-28 15:45
感谢sob老师解答，我确实用的粗粒化力场，因为我对体系Z方向施加0.2的电场观察体系出孔时间，打孔了几次 ...

数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88

本来有些动力学现象出现的随机性就很大，往往统计平均的结果才有意义

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