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标题: 求助-AMBER_OL15力场和CHARMM27力场，哪个更适合DNA结构的模拟 [打印本页]

作者
Author: HYUAN 时间: 2024-6-26 19:08
标题: 求助-AMBER_OL15力场和CHARMM27力场，哪个更适合DNA结构的模拟
求助-AMBER_OL15力场和CHARMM27力场，哪个更适合DNA结构的模拟
老师好，我最近尝试在用AMBER_OL15和CHARMM27力场来跑一个DNA结构（是G-四聚体的构型），G-四聚体中心会放置一个金属离子（例如二价钙离子，镁离子之类的）。模拟之后发现，DNA的结构在AMBER_OL15力场下结构维持较好，而同样条件下在CHARMM27下，结构就很容易散乱。这两种力场下呈现出两种不一样的结构效果，让我不确定哪种更合理。因此不确定用哪一种力场来模拟DNA结构更合适，想在此请假一下老师。

作者
Author: student0618 时间: 2024-6-27 16:55
可以先找比較dna力場的文獻
Google搜一下有就有很多比較charmm和amber DNA 力場的文章

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-28 05:39
绝对别用CHARMM27

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：
(, 下载次数 Times of downloads: 14)

作者
Author: HYUAN 时间: 2024-6-28 16:42

sobereva 发表于 2024-6-28 05:39
绝对别用CHARMM27

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_cont ...

好的好的，明白啦，非常感谢老师！

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