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标题: 请问一下两个分子的top文件如何构建成一个top文件 [打印本页]

作者
Author: 雨中宇 时间: 2024-6-26 19:12
标题: 请问一下两个分子的top文件如何构建成一个top文件
各位老师好，我按照cellulose builder的教程成功生成了纤维素微纤维的36条链结构，根据教程利用X2top生成了top文件，在将蛋白质的gro文件和纤维素微纤维的gro文件合并后，结构偏离最开始设定的位置，将融合的gro文件用VMD打开，蛋白质插入到纤维素链里，并不是之前那样蛋白质是在面上一定距离，请问这种情况是因为什么呢。如果要改正的话是否应该在VMD中对纤维素的gro文件和蛋白质最初的PDB文件校正位置。
第二个问题是按照教程生成的是纤维素top结构，蛋白质文件也是top文件，能否直接将两个top文件合并，分子项合并，在top文件上部加一个atomtypes，或者将纤维素链的top文件改为itp文件在引入topol文件

作者
Author: naoki 时间: 2024-6-27 13:47
第一个问题，“将蛋白质的gro文件和纤维素微纤维的gro文件合并”不知道你是怎么操作的。建议用可视化程序操作，或者自己熟悉文件格式的话合并后写脚本修改坐标。
第二个问题是日经帖，可以合并top，或者在top中include相应itp，但是要注意moleculetype、molecules字段内分子顺序和坐标文件一致。建议仔细看gromacs手册，论坛里也有很多类似问题，可用论坛首页google框检索。

作者
Author: 雨中宇 时间: 2024-6-28 15:34

naoki 发表于 2024-6-27 13:47
第一个问题，“将蛋白质的gro文件和纤维素微纤维的gro文件合并”不知道你是怎么操作的。建议用可视化程序操 ...

好的，谢谢，因为我最开始用可视化软件如VMD是将我的目标蛋白质和纤维素微纤维结构调整到了我想要的位置，我将纤维素结构导出是用X2top命令生成了X2top.top文件，用常规grommp生成了普通的topol命令，两者合并后。对蛋白质也生成gro和top文件，将gro合并后，用VMD打开发现结构偏离预期，我目前将固定纤维素链gro文件的坐标将蛋白质的坐标重新调整了下，用修改好的蛋白质重新生成了top和gro文件，这次合并后打开gro文件位置和之前一样。说实话确实不知道为什么最开始两者的坐标会发生变化

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