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标题: gromacs运行能量最小化过程中报错 [打印本页]

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Author: 雨中宇 时间: 2024-6-26 20:43
标题: gromacs运行能量最小化过程中报错
在用Gromacs进行蛋白质与纤维素面能量最小化过程中出现以下报错
The largest distance between excluded atoms is 3.065 nm, which is larger than the cut-off distance. This will lead to missing long-range corrections in the forces and energies.
下面是我的em.mdp文件。因为纤维素链是周期性共价体系，加入了periodic-molecules = yes
; Parameters describing what to do, when to stop and what to save
integrator = steep ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)
emtol = 100.0    ; Stop minimization when the maximum force < 5.0 kJ/mol
emstep    = 0.01    ; Energy step size
nsteps = 50000       ; Maximum number of (minimization) steps to perform
; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions
nstlist       = 1       ; Frequency to update the neighbor list and long range forces
cutoff-scheme = Verlet
ns_type       = grid ; Method to determine neighbor list (simple, grid)
rlist       = 1.0 ; Cut-off for making neighbor list (short range forces)
coulombtype       = PME ; Treatment of long range electrostatic interactions
rcoulomb       = 1.0 ; long range electrostatic cut-off
rvdw       = 1.0 ; long range Van der Waals cut-off
pbc          = xyz ; Periodic Boundary Conditions
vdwtype       = cut-off
DispCorr       = no
periodic-molecules = yes
请问一下这种情况该怎么更改啊，是要改截断距离吗

作者
Author: wangxiaobao 时间: 2024-6-26 21:00
扩胞试试

作者
Author: 雨中宇 时间: 2024-6-27 09:32

wangxiaobao 发表于 2024-6-26 21:00
扩胞试试

因为纤维素纤维结构是我直接通过cellulose-builder程序生成的pdb文件，该如何进行扩胞呢

作者
Author: Lance先生 时间: 2024-6-27 21:32

雨中宇发表于 2024-6-27 09:32
因为纤维素纤维结构是我直接通过cellulose-builder程序生成的pdb文件，该如何进行扩胞呢

盒子改小一点

作者
Author: zdworld 时间: 2024-6-27 23:40
box大小与纤维素周期匹配

作者
Author: 雨中宇 时间: 2024-6-28 08:42

zdworld 发表于 2024-6-27 23:40
box大小与纤维素周期匹配

好的，因为我加了蛋白质就在Z方向延长了一些，把盒子整体也扩大了一些，我把盒子改一下看看，谢谢

作者
Author: z1065480896 时间: 2025-1-21 08:23
请问楼主解决了莫，我也是同样的问题。是改em.mdp 文件莫？我的盒子是cubic，我看是完全包裹着蛋白的。

作者
Author: Shiwen 时间: 2025-1-22 04:35

z1065480896 发表于 2025-1-21 08:23
请问楼主解决了莫，我也是同样的问题。是改em.mdp 文件莫？我的盒子是cubic，我看是完全包裹着蛋白的。

可以把盒子扩大

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