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标题: 求一份gmx_MMPBSA的安装教程 [打印本页]

作者
Author: 12313 时间: 2024-6-26 21:54
标题: 求一份gmx_MMPBSA的安装教程
新手第一次接触gmx_MMPBSA,希望有大佬可以提供一份安装教程，感激不尽

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-27 01:37
官网里自己找，https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/dev/installation/里面都写了怎么装

倘若按照官方说明装不上再在本论坛问。求助之前先尽人事。

作者
Author: 12313 时间: 2024-6-27 10:55
本帖最后由 12313 于 2024-6-27 11:04 编辑

sobereva 发表于 2024-6-27 01:37
官网里自己找，https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/dev/installation/里面都写了怎么装

...

(, 下载次数 Times of downloads: 12)
老师，我前面安装一直挺顺利的，但是最后在终端输入gmx_MMPBSA -h 后出现这样的报错，这是为什么呢？

还有就是我的env.yml没有用官网给的，因为使用官网给的env.yml进行conda env create -n gmxMMPBSA --file env.yml会出现pip failed
这是我自己修改后的env.yml
(, 下载次数 Times of downloads: 8)

作者
Author: 825728139 时间: 2024-6-27 12:54
把gmx_MMPBSA当成一个python包用conda装就好了，官网的安装教程也提示了用conda装能省去一些步骤
https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/dev/installation/
没用过conda就先去conda官网查查要安装包的详细命令
https://anaconda.org/

作者
Author: 关于时间DE 时间: 2024-9-4 12:14

825728139 发表于 2024-6-27 12:54
把gmx_MMPBSA当成一个python包用conda装就好了，官网的安装教程也提示了用conda装能省去一些步骤
https:// ...

您好，学校的服务器只能离线运行，按照官网用env.yml方法安装不了，请问有什么方法可以离线安装吗

作者
Author: Loading0760 时间: 2024-9-4 15:11

关于时间DE 发表于 2024-9-4 12:14
您好，学校的服务器只能离线运行，按照官网用env.yml方法安装不了，请问有什么方法可以离线安装吗

下载离线的包,也就是.whl和.conda
然后就可以安装的,缺了什么依赖再去补

作者
Author: Loading0760 时间: 2024-9-4 15:16
gmx最新的版本有问题,pip直接装不了,github的issue里也提到了,我说一下我的解决办法.
https://github.com/Valdes-Tresanco-MS/gmx_MMPBSA/issues/517

先按照官方的env构建环境,但是你需要把gmx-mmbsa那一行删除,把下面的pandas修改为固定版本1.2.3
安装完成之后激活环境,此时差一个gmx-mmbsa,去PyPi下载离线的包,gmx_MMPBSA-1.6.3-py3-none-any.whl ,
修改后缀whl为zip,依次打开"/gmx_MMPBSA-1.6.3.dist-info/METADATA",修改Requires-Dist: pandas==1.2.3.修改完再把后缀也改回来
然后pip安装本地修改后的包既可

作者
Author: 825728139 时间: 2024-9-4 15:35

关于时间DE 发表于 2024-9-4 12:14
您好，学校的服务器只能离线运行，按照官网用env.yml方法安装不了，请问有什么方法可以离线安装吗

https://anaconda.org/
在conda官网搜索需要的包，例如numpy可以搜到：https://anaconda.org/conda-forge/numpy
点击“Files”选项下载对应系统版本的包，上传到服务器安装，如：
conda install ./numpy-2.1.1-py311h35ffc71_0.conda

若因某些原因无法下载可移步镜像网站，如：
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda
镜像网站的conda-forge下面的项目太多了不能直接从浏览器直接下载，具体方法我也不清楚，或许可以试试pip

miniconda离线安装方法：
https://docs.anaconda.com/miniconda/
“wget”为下载miniconda安装包，这里自行上传至服务器即可，注意各命令的路径参数保持一致。

conda安装python包会自动安装其所有依赖项，离线安装可能需要手动安装各依赖项。
可以尝试在能联网的虚拟机上安装，然后使用“conda list”看看都安装了那些包。

作者
Author: 关于时间DE 时间: 2024-9-4 21:24

825728139 发表于 2024-9-4 15:35
https://anaconda.org/
在conda官网搜索需要的包，例如numpy可以搜到：https://anaconda.org/conda-forg ...

收到！感谢！

作者
Author: 关于时间DE 时间: 2024-9-4 21:24

Loading0760 发表于 2024-9-4 15:16
gmx最新的版本有问题,pip直接装不了,github的issue里也提到了,我说一下我的解决办法.
https://github.com/ ...

十分感谢！

作者
Author: mol 时间: 2024-9-18 15:21
1012  conda create -n gmxMMPBSA python=3.10 -y -q
1013  conda activate gmxMMPBSA
1014  conda install -c conda-forge "mpi4py<=3.1.5" "ambertools<=23.3" -y -q
1015  python -m pip install "pyqt6<=6.6.1"
1016  conda install -c conda-forge "gromacs<=2023.4" pocl -y -q
1018  conda install conda-forge::gmx_mmpbsa

lz可参考以上方法试试

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