计算化学公社

标题: CDA电荷分析与NBO分析电荷转移不一致，怎么解释？ [打印本页]

作者
Author: wilely 时间: 2024-6-27 16:17
标题: CDA电荷分析与NBO分析电荷转移不一致，怎么解释？
卢老师，我做电荷分解（CDA，GCDA）分析环糊精与药物分子的电荷转移，输入文件如下

结果电荷转移很小。别人文献一般是0.1ev以上。我做NBO分析时，有三个氢键的E(2) 在8-20(kcal mol-1)之间，有明显的氢键和电荷转移，按照文献可以得出结论，The stability of complexes are principally due to the higher total charge transfer occurred between the lone pairs of oxygen atoms at various donor orbitals and the acceptor antibonding orbitals。审稿人认为怀疑这个结论，该怎么解释？CDA是定性的吧，而且是净电荷转移，NBO分析是具体单个氢键轨道，是不一样的来解释吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-28 05:02
要得到准确的片段间电荷转移量，既不该用CDA/GCDA，更不该用E2分析，而必须用Multiwfn通过合理的原子电荷计算方法得到片段电荷
ECDA和CDA/GCDA完全是两码事，提问时不要混淆
转移量多大直接取决于原子电荷计算方法，方法不一样就和别人没有可比性

片段电荷的概念下文说了
一篇深入浅出、完整全面介绍原子电荷的综述文章已发表！
http://sobereva.com/714（http://bbs.keinsci.com/thread-46067-1-1.html）

基于ADCH原子电荷计算片段电荷的演示视频：
使用Multiwfn计算分子的某个片段的电荷
https://www.bilibili.com/video/av26312703/

作者
Author: wilely 时间: 2024-6-28 15:28
本帖最后由 wilely 于 2024-6-28 18:03 编辑

sobereva 发表于 2024-6-28 05:02
要得到准确的片段间电荷转移量，既不该用CDA/GCDA，更不该用E2分析，而必须用Multiwfn通过合理的原子电荷计 ...

谢谢了。算出来A个片段是 - 0.17，B片段是0.17，表示电子从A转移到B 0.17 e 吗？这个数据比CDA/GCDA更准确吧，用ECDA计算片段原子电荷的方法有文献吗，我好参考答复审稿人。http://sobereva.com/166打不开啊。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-28 18:18

wilely 发表于 2024-6-28 15:28
谢谢了。算出来A个片段是 - 0.17，B片段是0.17，表示电子从A转移到B 0.17 e 吗？这个数据比CDA/GCDA更准 ...

自己的网的问题自己解决，别人都能打开

电子带负电，显然是B向A转移

更准
要么原子电荷，要么片段电荷，没有“片段原子电荷”。ECDA原文是什么在Multiwfn手册里和下文都说了
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166

作者
Author: wilely 时间: 2024-6-30 18:36

sobereva 发表于 2024-6-28 18:18
自己的网的问题自己解决，别人都能打开

电子带负电，显然是B向A转移

我把优化好的复合物结构（方法；b3lyp/6-31g(d,p) opt(maxstep=20,notrust) freq em=gd3bj POP=nbo nosy
mm）和取出的单体按下面两个方法算能量，1. b3lyp/6-31g(d,p) nosymm pop=full em=gd3bj IOp(3/33=1），2.一个没加色散 b3lyp/6-311g(d,p) nosymm pop=full IOp(3/33=1)，然后做GCDA分析，结果一个是 -0.0715，第二个是0.0642电子流动相反，而且没加色散的标红色的数字特别大。基于ADCH原子电荷算出来-0.17，与第一个方法比较接近。然后用the electrophilicity-based charge transfer（ECT）算=-1.34，其计算公式里面有复合物的HOMO/LUMO，涉及到轨道混合，估计没多大意义，出来电子流动方向与第二个方法是一致的，以哪个判断电子流动为准？谢谢

作者
Author: wilely 时间: 2024-7-2 09:51

sobereva 发表于 2024-6-28 18:18
自己的网的问题自己解决，别人都能打开

电子带负电，显然是B向A转移

就是算单点时加入色散后（复合物结构优化时加入了色散），得到的电荷转移值变化非常大，是什么原因？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-2 19:31

wilely 发表于 2024-6-30 18:36
我把优化好的复合物结构（方法；b3lyp/6-31g(d,p) opt(maxstep=20,notrust) freq em=gd3bj POP=nbo nosy ...

以片段电荷为准，这是对电荷转移量最严格的体现
CDA/GCDA仅仅用来从轨道角度讨论电荷转移内特征，不要拿d-b作为电荷转移量的准确衡量。
ECDA给出的电荷转移量等价于基于Mulliken电荷算的片段电荷的绝对值
ECT公式来计算转移量根本不靠谱

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-2 19:32

wilely 发表于 2024-7-2 09:51
就是算单点时加入色散后（复合物结构优化时加入了色散），得到的电荷转移值变化非常大，是什么原因？

“色散”指代不明，用词不要有含糊性
DFT-D色散校正根本不影响电子结构、不直接影响电子转移量

作者
Author: wilely 时间: 2024-7-3 11:38
好的。谢谢。

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