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标题: GaussView 6闪退，显示“段错误（核心已经转储）” [打印本页]
作者Author: 751960653 时间: 2024-6-27 20:15
标题: GaussView 6闪退，显示“段错误（核心已经转储）”
本帖最后由 751960653 于 2024-6-27 20:15 编辑
Vmware虚拟机，RockyOS 9.4。Gaussian版本为16，GaussView版本为6.0.16。
Gaussian先安装，可正常运行。gv解压之后，复制到g16文件夹下（也试过直接放在user文件下，使用时也报错）,.bashrc写入以下内容：
- export GV_DIR=/home/user/g16/gv
- export LIBPATH=/home/user/g16/gv
- export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/user/g16/gv/lib
- PATH=$PATH:/home/user/g16/gv
- alias gv='/home/user/g16/gv/gview.exe'
首次在shell中输入“gv"提示要安装libGLU等，使用yum成功安装了mesa-libGLU-9.0.1-6.el9.x86_64。
shell中再输入“gv"可以打开gv，可看到图形欢迎界面，但用file-open打开文件就立刻闪退（打开tests下的.com文件也闪退），shell显示“段错误（核心已经转储）”；同样在画板上一开始画结构就闪退，shell显示同样的错误（会在scratch文件夹下生成一个空的文件夹，名称为gv_时间，例如gv6_27_2024_19_45_20），只要不载入文件和画结构，点gv的其它选项、设置prefenrences均不会闪退（设置可保存生效）。
根据shell提示的错误在网络上搜索解决方法，使用ulimit -a命令，结果如下图，使用ulimit -c unlimited命令之后，core file size还是为0，打开gv还是上述报错。
各位是否有知道哪里出问题了，该如何解决闪退问题？
作者Author: kimariyb 时间: 2024-6-27 22:09
都用上虚拟机了，为什么不用 win 下的 gview，虚拟机算完的，直接拖到 win 下看，省的捣腾。之前我在 arch 和 fedora 装 gview 倒是没出现这个问题。
作者Author: hebrewsnabla 时间: 2024-6-27 22:20
可以试试通过gview.sh来运行
作者Author: 751960653 时间: 2024-6-28 08:48
使用gview.sh来运行也出现闪退的问题
作者Author: 751960653 时间: 2024-6-29 11:53
谢谢你的建议，解决不了就暂时这样处理了。
作者Author: ra2123456 时间: 2024-7-5 16:51
我们大概是遇到了同样的问题，你可以试试用鼠标点击file然后光标放到recent files上，出现你最近打开的目录之后把光标放到随便哪个目录上，然后快速把光标移动到gaussview界面之外，百分之百闪退，这应该是xshell的一个固有bug，我用薛定谔也有时候会闪退
作者Author: 751960653 时间: 2024-7-8 21:25
我是打开文件后进行了操作的话，必定闪退，也因此我的recent files一直是灰色。进行gv软件设置不会闪退，进行其它操作之后估计是需要额外写入数据就闪退。
作者Author: mizu-bai 时间: 2024-8-5 14:46
试试这个
作者Author: 751960653 时间: 2024-8-21 08:35
谢谢，前些天不能发帖，使用gv -mesagl后可以用了。能否解释下这其中是哪里出问题了？
作者Author: veronia 时间: 2025-1-10 16:50
谢谢bai老师解答，但是这个代码在网上查不到，不知道它的具体含义。以后每次都使用这个应该没有问题吧？
作者Author: mizu-bai 时间: 2025-1-10 17:28
可以看这些资料，里面有 -mesagl 是干什么的
https://csc.cnsi.ucsb.edu/docs/gaussview
https://hprc.tamu.edu/kb/Software/Gaussian/#loading-the-module
简单说就是 GaussView 依赖 OpenGL 这个库，而 Mesa 是一个 OpenGL 实现，-mesagl 即要求使用 Mesa 来提供 OpenGL 的功能，从而渲染分子这些
作者Author: veronia 时间: 2025-1-13 10:46
收到，谢谢bai老师
作者Author: sgwzq 时间: 2025-1-26 11:45
cz使用的是一台笔记本电脑，安装了Ubuntu双系统跑Gaussian
（2023年的 i7-13650 CPU 4060显卡）
之前用的是Ubuntu 23.04和23.10 显卡驱动使用的是NVIDIA的535版本
在命令行输入gv，使用GaussView正常
Ubuntu 更新到24.04之后，没想到再次输入gv
结果加载出一个白色的框框，之后就闪退了
命令行提示“段错误（核心已转储）”
cz本以为是新版的Ubuntu哪个程序和gaussview不兼容
找了半天还没找到
最后 意外地 发现
如果把显卡驱动切换成Xorg的nouveau就能正常打开Gaussview
使用NVIDIA的专有驱动就报错（而且cz也看不懂错误日志）
有人遇到和我一样的问题吗？
只有更新到Ubuntu 24.04 4060显卡使用NVIDIA的专有驱动才会报错
谢谢bbs的各位大佬
作者Author: sgwzq 时间: 2025-1-26 11:52
本帖最后由 sgwzq 于 2025-1-26 12:01 编辑
使用的Gaussview是6.0.16版本，Ubuntu是24.04版本（不想回滚因为23.10停止支持了，而22.04和新的笔记本的硬件貌似不兼容，触摸板用不了之类的）还需要什么信息都可以踢我，我都可以提供
附：bashrc是这么写的，因为之前的Ubuntu 23.10都没出现过问题，感觉应该不是bash的事
```bash
- export GV_DIR=/usr/local/gaussian/gv6
- export LIBPATH=/usr/local/gaussian/gv6
- export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/gaussian/gv6/lib
- PATH=$PATH:/usr/local/gaussian/gv6
- alias gv6='gview.exe'
- alias gv='gview.exe'
把gv g16的权限全部设成750了，应该不是权限的问题
作者Author: sgwzq 时间: 2025-1-27 17:03
本帖最后由 sgwzq 于 2025-2-7 15:20 编辑
今天又做了一些实验，lz用的是游戏笔记本，显卡有核显和4060独立显卡，如果开启混合模式（Intel NVIDIA两个显卡一起用）就正常，不会出现那个报错，但是一旦打开独显直连，用独立显卡，就不行，独显用nouveau也没事……没想到还要考虑这种兼容问题
更新：cz又在Arch Linux上做了测试，桌面环境使用的是KDE plasma（之前说的Ubuntu采用的是GNOME）还使用相同的bashrc和环境变量，这次发现gview能打开，但是如果尝试在里面画什么东西，就会报错并提示Segmentation fault. 接着cz用gdb调试了一下，发现gdb给出这种提示：
- 0x0000155542cdecb8 in LLVMBuildBitCast ( ) from /usr/lib/libLLVM.so.19.1
作者Author: sgwzq 时间: 2025-1-28 00:29
本帖最后由 sgwzq 于 2025-2-8 12:44 编辑
如果用gdb调试gview就正常，不会报错，但是如果不在gdb运行，就会出现刚才的段错误
2.8更新：
同样安装了一个Ubuntu虚拟机，相同的段错误，如果用gdb调试的话，得到如下的代码：
- 0x0000155540b0be35 in ?? () from /lib/x86_64-linux-gnu/libLLVM.so.19.1
作者Author: sgwzq 时间: 2025-2-9 11:51
cz接着调查了一下各版本的 libLLVM.so 的版本，Ubuntu 23.10的版本是15 (libLLVM-15.so) 可以正常运行gview
Rocky Linux 9.3自带的版本是18(libLLVM-18.so)，也可以正常运行
Ubuntu 24.04 Archlinux 这两个现在自带的版本都是19，但是19就会出现问题。不知道是为什么
这个库不能直接提取替换，cz还在排查降版本的方法
作者Author: Jasoniubility 时间: 2025-4-27 13:12
我和也是一样，Ubuntu24.04 出现什么段错误，我也是开了独显直连，之前自己折腾不好就用 22 就没报错了
作者Author: sgwzq 时间: 2025-4-28 18:06
22.04迟早会停止支持的，停止支持之后就用不了了。我的电脑比较新，22.04会识别不到触摸板，显示器亮度也调不了；23.04原来用着最好，但是现在已经停更了，镜像源都删没了，用apt只会报404 Not Found。现在不管是Arch还是Ubuntu，里面libLLVM库都是19以上的版本，用gdb运行G16报错显示是这个原因，但是我不会逆向……
作者Author: sgwzq 时间: 2025-4-28 18:12
NVIDIA显卡驱动+libLLVM 19.1+GaussView 6 =报错
作者Author: sgwzq 时间: 2025-4-28 18:14
https://askubuntu.com/questions/1493968/problem-with-gaussview-6
作者Author: Jasoniubility 时间: 2025-5-7 01:23
仔细看了原文，确实可以用这个方法解决，但是原文当时 22.04 也用不了，现在为什么可以用了呢，是因为 gv6 版本又更新了兼容 libLLVM 15 了嘛？
作者Author: sgwzq 时间: 2025-5-15 17:06
本帖最后由 sgwzq 于 2025-5-18 12:48 编辑
更新：我重装了一下系统，现在是笔记本用Arch Linux，显卡用的是Arch提供的驱动，用pacman安装的这么几个包
mesa lib32-mesa vulkan-intel lib32-vulkan-intel
nvidia-open nvidia-settings lib32-nvidia-utils
桌面环境是KDE-Plasma-Wayland
安装完之后，偶然发现，竟然独显直连下gv没问题了
Arch是滚到最新的内核6.14.6，最新的软件，现在用gv在libllvm-19.so完全没有问题！！
作者Author: sgwzq 时间: 2025-5-18 13:26
本帖最后由 sgwzq 于 2025-5-18 13:27 编辑
NVIDIA好像更新了驱动，现在把系统和驱动更新到最新应该不会出这个问题了
如果是Arch， 执行
等系统更新了就好了
Ubuntu我没试过，估计也是更新一下系统版本就好了
作者Author: Freeman 时间: 2025-6-28 20:23
我也遇到这个问题了，系统Ubuntu 24.04.2 LTS + NVIDIA驱动。用楼上的-mesagl解决了。
我不能选择混用NVIDIA和Intel的驱动，因为当前这个系统还有一个bug，那就是如果混用驱动了，笔记本就不能正常连接显示屏了。每次开电脑会随机发生这些事：正常启动（极低概率），永久黑屏（笔记本和显示器都黑屏，必须重启），打不开任何应用（很久之后恢复正常），超长延迟（很久之后恢复正常），显示器检测不到输入信号。。。只有选择只用NVIDIA驱动才正常。
作者Author: sgwzq 时间: 2025-7-3 18:52
我已经换成Arch Linux了，驱动都是每天更新的，现在再没出现段错误，体验非常好
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