计算化学公社

标题: 有关MOF结构优化及计算与气体间的结合能疑问 [打印本页]

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Author: 红茶泡枸杞 时间: 2024-6-27 20:54
标题: 有关MOF结构优化及计算与气体间的结合能疑问
各位老师好，（以下计算均为cp2k.popt版，2022.2版本，24核，输入文件由multiwfn产生）我在做MOF结构优化过程中，采用了两种模型，一是采用MOF原始晶胞，1*2*1，二是从3*3*超胞中截取了一部分，包含了一个完整的孔结构，不知道对不对。两个都计算了一周，还没有结束，我能否用MS的forcite先进行结构优化，再用CP2K只优化H原子呢？（我在做COF结构优化也是类似问题，算一周甚至更长时间，基组同上）
计算与气体间的结合能时，CP2K有没有像gaussian的counterpoise关键词那样的功能？直接输出校正后的相互作用，还是需要单独算两个分子的单点再减去呢？
2的输出文件过大，无法上传，这是第77步的计算结果

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-28 05:10
SCF难收敛该怎么解决怎么解决
CP2K中遇到SCF难收敛时的解决方法
http://sobereva.com/665（http://bbs.keinsci.com/thread-37196-1-1.html）

SCF收敛得一塌糊涂，几何优化也根本没意义

Multiwfn创建CP2K输入文件的界面里选择任务的时候直接就能选counterpoise

作者
Author: 红茶泡枸杞 时间: 2024-7-2 10:17

sobereva 发表于 2024-6-28 05:10
SCF难收敛该怎么解决怎么解决
CP2K中遇到SCF难收敛时的解决方法
http://sobereva.com/665（http://bbs.ke ...

社长您好，MOF作为周期性体系来计算，晶胞边界处会有部分单个原子，这个会影响计算吗？需要删除吗？谢谢社长。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-7-2 11:04

红茶泡枸杞发表于 2024-7-2 10:17
社长您好，MOF作为周期性体系来计算，晶胞边界处会有部分单个原子，这个会影响计算吗？需要删除吗？谢谢 ...

1、你的1是抠的团簇，但存在两个问题：
（1）边缘饱和的H加的太随意了，可以手动调整一下H的位置，或者固定其他原子用Forcite优化一下H原子位置看看，然后再拿到CP2K或者别的程序去跑。
（2）边缘真空区域留的空间太小，相邻镜像的两个O原子距离太近了。
2、2的块体结构我看了下没啥问题，但因为没有输出我也不能确定为啥你的结构2会算很久。
当然，如果没有什么特殊需求我建议使用结构2会更合理一些。

作者
Author: 红茶泡枸杞 时间: 2024-7-2 18:02

卡开发发发表于 2024-7-2 11:04
1、你的1是抠的团簇，但存在两个问题：
（1）边缘饱和的H加的太随意了，可以手动调整一下H的位置，或者 ...

感谢老师的答复，我把2重新提交了，这是刚开始的输出文件（对角化算法），一直在震荡，2分别用了对角化算法和OT算法，结果都不好，我是接着算下去呢还是先跑着，不知道是哪里的问题。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-7-2 18:55
本帖最后由卡开发发于 2024-7-2 19:01 编辑

红茶泡枸杞发表于 2024-7-2 18:02
感谢老师的答复，我把2重新提交了，这是刚开始的输出文件（对角化算法），一直在震荡，2分别用了对角化算 ...

OT那个你可以算下去看看，或者更换一下结构优化算法。对角化的话自洽场都没做过去，你可能需要调整一下迭代相关的参数（如&mixing的字段下的参数），比如减小alpha值等。当然也可能初始结构不是那么好，可以用低等级方法稍微优化下（如GFN1-xtb）。另外按道理晶胞应该也需要优化。

作者
Author: 红茶泡枸杞 时间: 2024-7-2 19:37

卡开发发发表于 2024-7-2 18:55
OT那个你可以算下去看看，或者更换一下结构优化算法。对角化的话自洽场都没做过去，你可能需要调整一下迭 ...

太感谢您了老师，我接下来就去改。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-7-2 19:45

红茶泡枸杞发表于 2024-7-2 19:37
太感谢您了老师，我接下来就去改。

需要小心的是，只是初步看那个PBC的结构没有严重问题，但实际上你的晶胞是否涉及到有原子分数占位，最初这个晶胞转换成inp之前是什么样，我也没办法打包票一定合理。

作者
Author: 红茶泡枸杞 时间: 2024-7-3 09:41

卡开发发发表于 2024-7-2 19:45
需要小心的是，只是初步看那个PBC的结构没有严重问题，但实际上你的晶胞是否涉及到有原子分数占位，最初 ...

我在这方面的知识过于浅薄，只会计算，一旦出了问题就不知如何下手，这是.cif文件，我一直有点担心晶胞边界处的原子会不会影响计算，在进行COF建模的时候边界处也是同样的问题。ot算法跑了一晚上后，四个收敛限都还很远，我现在停了，按照社长难收敛时的解决办法修改输入文件再提交。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-7-3 10:56

红茶泡枸杞发表于 2024-7-3 09:41
我在这方面的知识过于浅薄，只会计算，一旦出了问题就不知如何下手，这是.cif文件，我一直有点担心晶胞边 ...

你cif啥渠道获取的？自己随手搭建的？根据文献搭建的？还是文献已有的结构更换了元素？

作者
Author: 红茶泡枸杞 时间: 2024-7-3 11:22

卡开发发发表于 2024-7-3 10:56
你cif啥渠道获取的？自己随手搭建的？根据文献搭建的？还是文献已有的结构更换了元素？

从CCDC上下的，用MS打开后发现结构变了，然后根据CCDC上的信息重新建的，是模型本身错了吗？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-7-3 11:36

红茶泡枸杞发表于 2024-7-3 11:22
从CCDC上下的，用MS打开后发现结构变了，然后根据CCDC上的信息重新建的，是模型本身错了吗？

有可能，我用了一些快速的方法试了一下看上去结果不是很好，你可以把数据来源发一下看看。

作者
Author: 红茶泡枸杞 时间: 2024-7-3 14:44
本帖最后由红茶泡枸杞于 2024-7-3 14:53 编辑

卡开发发发表于 2024-7-3 11:36
有可能，我用了一些快速的方法试了一下看上去结果不是很好，你可以把数据来源发一下看看。

CCDC来源https://www.ccdc.cam.ac.uk/struc ... eToSearch=Published，根据网站上的晶胞信息重新建的。这个是在CCDC上下载的文件

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-7-3 15:49

红茶泡枸杞发表于 2024-7-3 14:44
CCDC来源https://www.ccdc.cam.ac.uk/struc ... eToSearch=Published，根据网站上的晶胞信息重新建的。这 ...

你给的链接上面可以下载cif格式，但是那个结构没有H，下载下来的结构是C48 H28 O20 Al4，但H没有坐标，MS自动补H能补到24，剩下一个H我不太能确定是在羧基还是单独的O上面，从计量数估计最有可能在单独的O上，这个你需要自己测试。 (, 下载次数 Times of downloads: 6)

作者
Author: 红茶泡枸杞 时间: 2024-7-3 16:52

卡开发发发表于 2024-7-3 15:49
你给的链接上面可以下载cif格式，但是那个结构没有H，下载下来的结构是C48 H28 O20 Al4，但H没有坐标，MS ...

有个小问题，不知道为啥我下载的cif文件结构是乱的。我下载了您的cif文件，O和Al配位，应该不会接H了，现在试一下只优化H原子，十分感谢您的耐心解答。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-7-3 18:14

红茶泡枸杞发表于 2024-7-3 16:52
有个小问题，不知道为啥我下载的cif文件结构是乱的。我下载了您的cif文件，O和Al配位，应该不会接H了，现 ...

那个连接关系不要管，原子位置没问题即可，用MS的build-bonds大概重新处理一下，剩下的还是得手动做。

作者
Author: 小可几何 时间: 2024-7-3 18:16
你好，我想请教一个简单的问题，就是如何将从超胞中截取的片段转化为周期性结构呢？

作者
Author: 红茶泡枸杞 时间: 2024-7-3 19:50

小可几何发表于 2024-7-3 18:16
你好，我想请教一个简单的问题，就是如何将从超胞中截取的片段转化为周期性结构呢？

我这方面不太懂，做法比较简单粗暴，直接给截出来的片段加了一个盒子。

作者
Author: 红茶泡枸杞 时间: 2024-7-3 19:53

卡开发发发表于 2024-7-3 18:14
那个连接关系不要管，原子位置没问题即可，用MS的build-bonds大概重新处理一下，剩下的还是得手动做。

好的好的，谢谢老师。

作者
Author: Mortal 时间: 2024-10-18 20:36
请问你的第二个从超胞截取出来是一个想要的片段还是重复单元？，还有你截取是直接将多余部分删掉吗？

作者
Author: streamlet 时间: 2025-5-10 15:46

卡开发发发表于 2024-7-3 15:49
你给的链接上面可以下载cif格式，但是那个结构没有H，下载下来的结构是C48 H28 O20 Al4，但H没有坐标，MS ...

卡老师，想再咨询您一下，如果计算MOF和锌原子的吸附能，MOF结构中的结晶水（表面、内部）是可以删掉的吗？除此之外，结构中苯环上的氢，以及结构中与金属配位氧上的氢，是否也都可以删掉来做结构优化以及计算吸附原子的吸附能？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2025-5-10 21:05

streamlet 发表于 2025-5-10 15:46
卡老师，想再咨询您一下，如果计算MOF和锌原子的吸附能，MOF结构中的结晶水（表面、内部）是可以删掉的吗 ...

一般结晶水只是以氢键与MOF结合，甚至它们的位置可能不能被精确确定（氧原子分数占位），删掉应该也不会导致结构塌掉，而且这个结晶水也不参与主要关注的过程，这种情况可以删。苯环或氧上的H我暂时断定不了，得看具体结构，通常苯环上的H应该不太容易下来。

作者
Author: streamlet 时间: 2025-5-10 23:19

卡开发发发表于 2025-5-10 21:05
一般结晶水只是以氢键与MOF结合，甚至它们的位置可能不能被精确确定（氧原子分数占位），删掉应该也不会 ...

非常感谢卡老师的回复

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