计算化学公社

标题: Linux中Gaussian 16查看当前正在运行的任务的命令？ [打印本页]

作者
Author: heoupang 时间: 2024-6-27 21:33
标题: Linux中Gaussian 16查看当前正在运行的任务的命令？
比例Linux系统中查看Vasp任务运行状态的命令是qstat，那么Gaussian中比较简单的命令是什么？现在就不知道超算正在算多少个任务。

作者
Author: 乐平 时间: 2024-6-27 21:51
qstat 就是 PBS 作业系统用来查看任务状态的命令，跟你用 VASP, Gaussian, CP2K 还是其他计算没有关系，任何计算对于 qstat 命令而言都是等同对待。

如果你想仅仅只查看你自己的任务状态，

qstat -u XXXX

复制代码

其中 XXXX 是你的用户名（你登陆超算的用户名）

我猜测你分不清楚到底是 VASP 还是 Gaussian 的原因，应该是你的 PBS 脚本里没有写任务名导致的。

#PBS -N 这里写你的任务名（VASP, Gaussian, CP2K 等等），方便你自己查看

作者
Author: zsu007 时间: 2024-6-28 07:51
qstat --help # 查询qstat带各种参数的功能，找到你要的功能或者参数组合就好了。结合awk、sed等一起使用，功效会更好！

作者
Author: heoupang 时间: 2024-6-28 22:50

乐平发表于 2024-6-27 21:51
qstat 就是 PBS 作业系统用来查看任务状态的命令，跟你用 VASP, Gaussian, CP2K 还是其他计算没有关系，任 ...

现在我换了超算，就没有之前的vasp了。那有没有linux系统里面查看高斯任务的命令？好像不是PBS了

作者
Author: 乐平 时间: 2024-6-28 23:19

heoupang 发表于 2024-6-28 22:50
现在我换了超算，就没有之前的vasp了。那有没有linux系统里面查看高斯任务的命令？好像不是PBS了

你这说的什么糊涂话……

你提交任务用的什么命令？

作者
Author: heoupang 时间: 2024-6-29 09:54

乐平发表于 2024-6-28 23:19
你这说的什么糊涂话……

你提交任务用的什么命令？

g16 XXX.gjf > XXX.log&

作者
Author: Santz 时间: 2024-6-29 11:18

top -u $USER或htop -u $USER

复制代码

作者
Author: wxyhgk 时间: 2024-6-29 14:42

qstat

复制代码

这个是 qbs 集群系统的命令，可以查看当前设置好的任务的名称

(, 下载次数 Times of downloads: 73)

可以看到这里的名称，这里是通过

#!/bin/bash
#PBS -N 任务名称
#PBS -q 节点
#PBS -l nodes=1:ppn=20
#PBS -l walltime=时间

复制代码

这里的名称是通过“任务名称”来设定的啊，而你说的 Gaussian 的查看，如果是 qbs 集群什么的，可以自己设定上面的名称比如 “g16-test”,代表是 g16 运行的某个任务，如果没有安装 qbs 集群或者其他集群，直接使用 top 就能看到了，例如：

(, 下载次数 Times of downloads: 79)

正在进行 Gaussian16 的 l502 模块进行 SCF 运算

作者
Author: 乐平 时间: 2024-6-29 16:14

heoupang 发表于 2024-6-29 09:54
g16 XXX.gjf > XXX.log&

现在我换了超算

你不是说你换了超算吗…… 你在超算就 g16 XXX.gjf > XXX.log& 提交计算任务？开什么玩笑……

作者
Author: heoupang 时间: 2024-7-2 16:35

乐平发表于 2024-6-29 16:14
你不是说你换了超算吗…… 你在超算就 g16 XXX.gjf > XXX.log& 提交计算任务？开什么玩笑……

不然怎么提交呢老师儿

作者
Author: heoupang 时间: 2024-7-2 16:39

wxyhgk 发表于 2024-6-29 14:42
这个是 qbs 集群系统的命令，可以查看当前设置好的任务的名称

我用qstat只能看到vasp算的任务，无法看到Gaussian的...

作者
Author: sai77 时间: 2024-7-2 17:54

heoupang 发表于 2024-7-2 16:39
我用qstat只能看到vasp算的任务，无法看到Gaussian的...

你vasp任务怎么提交的？
高斯任务你没用PBS脚本提交，qstat肯定看不到
超算提交任务最好都用脚本提交，不要直接g16运行

作者
Author: 乐平 时间: 2024-7-2 23:58
本帖最后由乐平于 2024-7-3 00:02 编辑

heoupang 发表于 2024-7-2 16:35
不然怎么提交呢老师儿

你怎么提交 VASP 计算的？用了什么提交任务的脚本？修改提交任务的脚本就行了啊

打开提交 VASP 计算任务的脚本，看 VASP 对应的那一行，照着把 Gaussian 提交的命令修改一下。

学了就会了

即使不会，现在 AI 这么流行，国产的 Kimi Chat 又免费使用。你把 VASP 提交任务的脚本复制粘贴到 Kimi chat 问它是什么意思，然后让它帮你写一份提交 Gaussian 的脚本。
怎么就不会呢……

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