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标题: 柔性扫描log文件转ztop可用xyz文件 [打印本页]

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Author: zdworld 时间: 2024-6-27 22:24
标题: 柔性扫描log文件转ztop可用xyz文件
钟老师的ztop十分好用，拟合二面角和拼接高分子的功能非常直观且方便。在使用时有一个痛点是ztop为了方便并行，批量生成的高斯任务是直接将要拟合的二面角转过一定角度后做限制性优化。对于很多侧链较大的高分子直接从稳定构象转过较大角度时极有可能导致原子间距离过近任务直接失败，可以直接从一个柔性扫描任务中得到若干个结构直接生成ztop所需的xyz文件，用于二面角拟合。写了一个简单的脚本，输入一个log文件，输出一个xyz文件，title行为能量值，也可以使用-s True生成若干独立的xyz文件，obable转成gjf后在更好的水平下计算单点能。
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