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标题: 求助gromacs对石墨烯和电解液体系做能量最小化域分解报错 [打印本页]

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Author: gjs 时间: 2024-6-28 12:26
标题: 求助gromacs对石墨烯和电解液体系做能量最小化域分解报错
在计算石墨烯和电解液体系的过程中出现了域分解的报错，做了一些尝试仍然没有解决，求大佬指教。
情况如下：
1.首先使用packmol构建了电极电解液的体系
2.能量最小化过程中出现了域分解的报错
3.由于要保持界面不动，因此将石墨烯原子坐标固定

尝试：1.使用-ntmpi 1 未能解决
      2.使用gromacs-2021版本没有报错，但换到gromacs-2023版本就会出现这样的报错；在2023版本中，去掉石墨烯之后的纯电解液是不会报错的，加上石墨烯就报错。
      3.报错显示是石墨烯上的335和336号原子相互作用导致的
      4.增大盒子尺寸为5nm之后，仍然报错，且要求的最小盒子尺寸也增加到了7nm，同样是由于石墨烯上的两个原子相互作用导致的

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