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标题: cp2k的“Unknown element for KIND”报错该如何解决 [打印本页]

作者
Author: 123wo 时间: 2024-6-28 12:51
标题: cp2k的“Unknown element for KIND”报错该如何解决
各位老师，cp2k初学者，在提交一个cp2k（版本2024.1）结构优化氧化铝表面任务的时候，报如下的错误：
*******************************************************************************
* ___                                                                      *
*  / \                                                                   *
* [ABORT]    Unknown element for KIND <O 7.901813405 4.663075186 5>. This *
*  \___/    problem can be fixed specifying properly elements in PDB or *
* |       specifying a KIND section or getting in touch with one of the *
*  O/|                               developers!                         *
* /| |                                                                      *
* / \                                                 topology_util.F:1248 *
*******************************************************************************

我在COORD设置坐标的时候采用的是coord.inc，并且已经设置好了元素名和坐标（以下是开头的一部分）：
O 7.901813405 4.663075186 5
O 5.108697261 4.663075186 5
O 16.31481341 4.663075186 5
O 13.52169726 4.663075186 5
O 7.901813405 12.73107519 5
O 5.108697261 12.73107519 5
O 16.31481341 12.73107519 5
O 13.52169726 12.73107519 5
O 2.298755333 4.743410406 5.033520207
O 10.71175533 4.743410406 5.033520

但是在cp2k.inp文件中，已经设置了KIND：
         &KIND O
         BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
         POTENTIAL GTH-PBE-q6
         &END KIND

以及          &KIND Al
         BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
         POTENTIAL GTH-PBE-q3
         &END KIND
不知道这是由于什么原因导致的呢？感谢各位老师批评指点

作者
Author: 1138711019 时间: 2024-6-28 16:39
O 7.901813405 4.663075186 5
坐标这里错了，你O后面要用空格而不是tab制表符

作者
Author: 123wo 时间: 2024-6-28 18:58

1138711019 发表于 2024-6-28 16:39
O 7.901813405 4.663075186 5
坐标这里错了，你O后面要用空格而不是tab制表符

感谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

作者
Author: xuziwen 时间: 2024-12-23 17:16
请问coord.inc文件是不是前两行不能有原子信息之外的东西，比如行数

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-12-23 17:45
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2024-12-23 17:46 编辑

xuziwen 发表于 2024-12-23 17:16
请问coord.inc文件是不是前两行不能有原子信息之外的东西，比如行数

在回答问题前先问一句：是哪里来的输入文件要用coord.inc定义结构，输入文件中其他所有设置是否完全清楚含义且确认合理性？

回答问题本身：如果是像这样写的，CP2K看到的输入实际上就是把coord.inc文件内容代入@INCLUDE位置，显然每行都必须是原子名、X坐标、Y坐标、Z坐标的格式。

&SUBSYS
&COORD
@INCLUDE "coord.inc"
&END COORD
&END SUBSYS

复制代码

用外部文件定义结构的更简单方式是用TOPOLOGY字段的COORD_FILE_NAME关键词指定文件名，用COORD_FILE_FORMAT关键词指定格式，xyz、cif、pdb等均可直接支持而无需转换。

&SUBSYS
&TOPOLOGY
COORD_FILE_NAME filename
COORD_FILE_FORMAT format
&END TOPOLOGY
&END SUBSYS

复制代码

问题回答完但还有一句话要说：如果刚入门CP2K，推荐参考下述社长博文的方法生成输入文件，并考虑参加前言提到的CP2K第一性原理计算培训班。
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）

作者
Author: xuziwen 时间: 2024-12-24 10:30

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-12-23 17:45
在回答问题前先问一句：是哪里来的输入文件要用coord.inc定义结构，输入文件中其他所有设置是否完全清楚 ...

感谢回复，我是初学者，昨天在跑结构优化氧化铝和水的过渡态搜索的时候，出现了如下报错
*******************************************************************************
* ___                                                                      *
*  / \                                                                   *
* [ABORT]    Unknown element for KIND <123>. This problem can be fixed    *
*  \___/  specifying properly elements in PDB or specifying a KIND section or *
* |             getting in touch with one of the developers!          *
*  O/|                                                                      *
* /| |                                                                      *
* / \                                                 topology_util.F:1248 *
*******************************************************************************
我就是把coord.inc文件内容代入@INCLUDE位置，然后coord.inc里面的前几行内容是
O 1.4756663925 -0.0142888455 6.4635291271
O 3.8554695245 1.3612255431 10.8994868938
O 1.5336206148 2.7991658012 15.2957208699
O -0.7501350085 1.2841418959 6.4599215672
而且我在cp2k.inp文件中，也已经设置了KIND：
&KIND O
   BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
   POTENTIAL GTH-PBE-q6
&END KIND
&KIND Al
   BaSIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
   POTENTIAL GTH-PBE-q3
&END KIND
&KIND H
   BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
   POTENTIAL GTH-PBE-q1
&END KIND
不知道是哪里导致了报错

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-12-24 10:56

xuziwen 发表于 2024-12-24 10:30
感谢回复，我是初学者，昨天在跑结构优化氧化铝和水的过渡态搜索的时候，出现了如下报错
************** ...

可是我最开始的问题还没得到回答哦，请提供你目前一切操作所依据的CP2K教程的原始出处。我感觉你和一楼都看到了同一份资料且质量可能存疑。而且从现在的回复，我也不知道我最后一句话到底有没有生效。

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