计算化学公社

标题: 在Autodock Vina中能否自行添加原子信息？ [打印本页]

作者
Author: youknowdcf 时间: 2024-6-28 19:52
标题: 在Autodock Vina中能否自行添加原子信息？
各位老师好，近期在使用Autodock Vina进行MoS2和蛋白受体对接的过程中，运行vina会出现报错“ ATOM syntax incorrect: "Mo" is not a valid AutoDock type.” ，通过google发现网上给出的解决方案都是针对Autodock 4而不是Vina的，我获取了开发者提供的含有更多原子信息的AD4_parameter.dat文件，并将原子信息写入了MGL文件夹的同名文件中，但是仍然报错，是我操作存在哪些问题，还是Vina本身就不能对自带库之外的原子进行对接呢？请各位老师解惑

作者
Author: wal 时间: 2024-8-24 15:00
这个问题楼主后来解决了嘛

作者
Author: youknowdcf 时间: 2024-8-25 15:55

wal 发表于 2024-8-24 15:00
这个问题楼主后来解决了嘛

vina添加不了，换用autodock 4就可以了

作者
Author: 火热的羊 时间: 2025-2-16 21:50

youknowdcf 发表于 2024-8-25 15:55
vina添加不了，换用autodock 4就可以了

楼主后来就用的autodock 4吗，我也是同样的问题，也是有钼原子。但我看的一篇文献，跟我用的同样的受体，同样含有Mo原子，但他就是用Vina对接的，不知道怎么整的😫

作者
Author: youknowdcf 时间: 2025-2-17 09:26

火热的羊发表于 2025-2-16 21:50
楼主后来就用的autodock 4吗，我也是同样的问题，也是有钼原子。但我看的一篇文献，跟我用的同样的受体， ...

用的autodock4，在AD4_parameters.dat文件里加入Mo的信息就可以了。据我了解，vina没有办法自定义或添加额外的原子信息，只是比autodock4操作简单一些，对于对接结果的不会有定性上的影响。

作者
Author: 火热的羊 时间: 2025-2-17 14:35

youknowdcf 发表于 2025-2-17 09:26
用的autodock4，在AD4_parameters.dat文件里加入Mo的信息就可以了。据我了解，vina没有办法自定义或添加 ...

好的，谢谢你❤

作者
Author: youknowdcf 时间: 2025-2-17 21:03

火热的羊发表于 2025-2-17 14:35
好的，谢谢你❤

不用客气，具体的操作流程可以看b站DS医学生的视频，有什么问题也可以随时交流。

作者
Author: 18217265596 时间: 2025-2-17 23:18

火热的羊发表于 2025-2-16 21:50
楼主后来就用的autodock 4吗，我也是同样的问题，也是有钼原子。但我看的一篇文献，跟我用的同样的受体， ...

不要试图用对接去处理重原子对金属配位的问题
你要理解对接的精度和可信度你要了解对接是怎么去处理互作的而不是一味地相信对接能把你需要的故事给你讲出来
当然讲故事随意
做实验的话。。。

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