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标题: 计算蛋白配体复合物的Rg值在输入gmx gyrate指令后该如何选择计算类型？ [打印本页]

作者
Author: 12313 时间: 2024-6-29 18:11
标题: 计算蛋白配体复合物的Rg值在输入gmx gyrate指令后该如何选择计算类型？
想问一下如若计算蛋白配体复合物的Rg值，在输入gmx gyrate指令后，该如何选择计算类型，是选择"Protein"吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-30 01:06
显然这只会计算蛋白质部分
把蛋白质和配体合并成一个索引组，再选它才是对复合物算的

作者
Author: 12313 时间: 2024-6-30 10:48

sobereva 发表于 2024-6-30 01:06
显然这只会计算蛋白质部分
把蛋白质和配体合并成一个索引组，再选它才是对复合物算的

好的，谢谢老师

作者
Author: 12313 时间: 2024-6-30 10:59
本帖最后由 12313 于 2024-6-30 11:05 编辑

sobereva 发表于 2024-6-30 01:06
显然这只会计算蛋白质部分
把蛋白质和配体合并成一个索引组，再选它才是对复合物算的

老师，如果是这样的话，那在输入gmx gyrate指令时，是不是需要加上-n index 这个选项？但是我在模拟之前已经通过gmx make_ndx指令建立了索引组，并在之后的nvt、npt预平衡及模拟运行过程通过-n index选项进行了引入，这样如果要通过gmx gyrate计算复合物，也需要-n index这个选项吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-2 19:41

12313 发表于 2024-6-30 10:59
老师，如果是这样的话，那在输入gmx gyrate指令时，是不是需要加上-n index 这个选项？但是我在模拟之前 ...

但凡你要选的组不是gromacs默认就有的组，一律得这么提供索引文件

作者
Author: 12313 时间: 2024-7-2 20:22

sobereva 发表于 2024-7-2 19:41
但凡你要选的组不是gromacs默认就有的组，一律得这么提供索引文件

好的，谢谢sob老师

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