计算化学公社

标题: 关于GaussView内坐标gjf文件生成序号顺序不一致的问题 [打印本页]
作者
Author: wuruiqi2001    时间: 2024-6-30 10:39
标题: 关于GaussView内坐标gjf文件生成序号顺序不一致的问题
各位老师，学生在做量化练习时偶然遇到一个问题：

对于同一个体系的两个不同的log文件，例如一个基态，一个激发态log文件
两个文件的原子编号在GaussView中保持一致
将两者都保存为分子内坐标形式的gjf输入文件，出现键长、键角和二面角的顺序不一致的情况

  1. C              
  2. C                  1            B1
  3. C                  2            B2    1            A1
  4. C                  3            B3    2            A2    1            D1    0
  5. C                  4            B4    3            A3    2            D2    0
  6. C                  1            B5    2            A4    3            D3    0
  7. B                  4            B6    3            A5    2            D4    0
  8. C                  7            B7    4            A6    3            D5    0
  9. C                  7            B8    4            A7    3            D6    0
  10. C                  8            B9    7            A8    4            D7    0
  11. C                 10           B10    8            A9    7            D8    0
  12. C                 11           B11   10           A10    8            D9    0
  13. C                 12           B12   11           A11   10           D10    0
  14. C                 13           B13   12           A12   11           D11    0
  15. N                  3           B14    2           A13    1           D12    0
  16. C                 15           B15    3           A14    2           D13    0
  17. C                 15           B16    3           A15    2           D14    0
  18. N                 10           B17    8           A16    7           D15    0
  19. C                 18           B18   10           A17    8           D16    0
  20. C                 18           B19   10           A18    8           D17    0
  21. C                 16           B20   15           A19    3           D18    0
  22. C                 21           B21   16           A20   15           D19    0
  23. C                 22           B22   21           A21   16           D20    0
  24. C                 19           B23   18           A22   10           D21    0
  25. C                 24           B24   19           A23   18           D22    0
  26. C                 25           B25   24           A24   19           D23    0
  27. C                 26           B26   25           A25   24           D24    0
  28. C                 27           B27   26           A26   25           D25    0
  29. C                  2           B28    1           A27    6           D26    0
  30. C                 29           B29    2           A28    1           D27    0
复制代码
  1. C              
  2. C                  1            B1
  3. C                  2            B2    1            A1
  4. C                  3            B3    2            A2    1            D1    0
  5. C                  4            B4    3            A3    2            D2    0
  6. C                  1            B5    2            A4    3            D3    0
  7. B                  4            B6    3            A5    2            D4    0
  8. C                  7            B7    4            A6    3            D5    0
  9. C                  7            B8    4            A7    3            D6    0
  10. C                  8            B9    7            A8    4            D7    0
  11. C                 10           B10    8            A9    7            D8    0
  12. C                 11           B11   10           A10    8            D9    0
  13. C                 12           B12   11           A11   10           D10    0
  14. C                 13           B13   12           A12   11           D11    0
  15. N                  3           B14    2           A13    1           D12    0
  16. C                 15           B15    3           A14    2           D13    0
  17. C                 15           B16    3           A15    2           D14    0
  18. N                 10           B17    8           A16    7           D15    0
  19. C                 18           B18   10           A17    8           D16    0
  20. C                 18           B19   10           A18    8           D17    0
  21. C                 16           B20   15           A19    3           D18    0
  22. C                 21           B21   16           A20   15           D19    0
  23. C                 22           B22   21           A21   16           D20    0
  24. C                 19           B23   18           A22   10           D21    0
  25. C                 24           B24   19           A23   18           D22    0
  26. C                 25           B25   24           A24   19           D23    0
  27. C                 26           B26   25           A25   24           D24    0
  28. C                 27           B27   26           A26   25           D25    0
  29. C                 17           B28   15           A27    3           D26    0
  30. C                 29           B29   17           A28   15           D27    0
复制代码
比如两个文件中最后两行的内坐标表示的不一致

我想请问一下，这种情况是正常的嘛，如果是正常的，如何表示跟什么有关，如何将gjf文件的内坐标保持一致呢？
作者
Author: 乐平    时间: 2024-6-30 10:51
本帖最后由 乐平 于 2024-6-30 15:30 编辑

内坐标本来就不是唯一的，只要结构一致就行。
作者
Author: wuruiqi2001    时间: 2024-6-30 10:56
好的老师，结构是一致的，但是学生还是想问一下就是这个内坐标的生成顺序是有什么说法吗，生成的顺序跟什么有关呢
作者
Author: sobereva    时间: 2024-6-30 13:52
程序有内建规则，开发者才最清楚
先保存成笛卡尔坐标，再载入gview，然后重新保存成内坐标的形式，内坐标的定义方式就应当一致了。前提是两个状态在gview里的成键关系一致、原子顺序一致
作者
Author: wuruiqi2001    时间: 2024-6-30 14:30
好的，感谢sob老师解答




欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3