计算化学公社

标题: 两个分子之间有相互作用，但是结合能是正的，这种情况正常吗 [打印本页]

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Author: xsc6 时间: 2024-6-30 22:45
标题: 两个分子之间有相互作用，但是结合能是正的，这种情况正常吗
本帖最后由 xsc6 于 2024-7-2 23:15 编辑

在计算两个分子之间的结合能时，计算出来结合能是正的，请问这种情况正常吗，是不是说明两者不结合（我如果描述不结合或结合能力很弱可以吗），还是这个极小点能量太高了呢？（确定前面几何优化完成且振动分析无虚频）

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-7-1 05:05
要做构型搜索，光做结构优化且无虚频是不够的

作者
Author: 牧生 时间: 2024-7-1 06:41
如果这是MD跑出来的结构，分子间可能有排斥，作用为正，这是可能的。

作者
Author: xsc6 时间: 2024-7-1 11:01

wzkchem5 发表于 2024-7-1 05:05
要做构型搜索，光做结构优化且无虚频是不够的

谢谢老师，因为这是U元素，xtb我看了只支持到86号元素，但U是92号，好像没办法用卢老师的molculs进行搜索，这个结构总感觉特别不好算,也是我反复调整位置，才得到了一个无虚频的结构

作者
Author: xsc6 时间: 2024-7-1 11:02

牧生发表于 2024-7-1 06:41
如果这是MD跑出来的结构，分子间可能有排斥，作用为正，这是可能的。

DFT算的

作者
Author: dnlx 时间: 2024-7-1 11:15
这个不会是能量最低的结构。末端的两个硫因为各自结合了氢，原子电荷更负，更容易作为配体。可以摆一下这两个硫跟铀螯合。

作者
Author: xsc6 时间: 2024-7-1 13:04

dnlx 发表于 2024-7-1 11:15
这个不会是能量最低的结构。末端的两个硫因为各自结合了氢，原子电荷更负，更容易作为配体。可以摆一下这两 ...

好的，谢谢您的建议。一开始是没加H的，但是如果不加H就会形成S就会形成硫八环，但是因为实验过程中是开环聚合，不希望形成环状结构，然后我看一些文献涉及到多硫聚合物的时候就会末端补H，所以我也补了两个H

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-7-1 14:14

xsc6 发表于 2024-7-1 04:01
谢谢老师，因为这是U元素，xtb我看了只支持到86号元素，但U是92号，好像没办法用卢老师的molculs进行搜 ...

可以用HF-3c等方法代替xtb做构型搜索，对U单独定义一个合适的小基组

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-7-1 14:17

xsc6 发表于 2024-7-1 06:04
好的，谢谢您的建议。一开始是没加H的，但是如果不加H就会形成S就会形成硫八环，但是因为实验过程中是开 ...

问题是实验条件下确实有多余的氢吗？如果有，确定是两个吗？
一个物质即使能开环聚合，也往往是因为有痕量的引发剂（针对你的体系，就是HS-等），而不是说所有环状单体都打开了。建议查查配位开环聚合的文献，不局限于硫，就查内酯的开环聚合就行，对开环聚合机理有基本了解再做计算

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-1 18:18
这种事往往都是存在低级错误所致

把相关输入文件给出来。注意检查SCF收敛和波函数稳定性，并且先使用和优化完全相同的级别得到的电子能量来计算相互作用能

绝对不要把molclus+xtb当做构型搜索的必由之路。本来体系就很小，而且成键的方式又不很典型，没有任何理由用molclus结合xtb做构型搜索

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Author: xsc6 时间: 2024-7-1 19:54

sobereva 发表于 2024-7-1 18:18
这种事往往都是存在低级错误所致

把相关输入文件给出来。注意检查SCF收敛和波函数稳定性，并且先使用和 ...

老师您好，我已经将输入输出文件上传到原帖子中，此外，我刚刚检查了单独波函数的稳定性，发现是稳定的，谢谢老师

作者
Author: dnlx 时间: 2024-7-1 20:13

xsc6 发表于 2024-7-1 13:04
好的，谢谢您的建议。一开始是没加H的，但是如果不加H就会形成S就会形成硫八环，但是因为实验过程中是开 ...

那样的话就不应该补氢；如果你希望产物的硫是开环的，依然应该是两端的硫去配位，因为即使没连接氢，它们的原子电荷也更负（开环S8不好优化得到，但是可以从这个共振式来理解：SßSßSßS=SàSàSàS）。

作者
Author: xsc6 时间: 2024-7-1 20:27

dnlx 发表于 2024-7-1 20:13
那样的话就不应该补氢；如果你希望产物的硫是开环的，依然应该是两端的硫去配位，因为即使没连接氢，它们 ...

您说的是两端S同时配位吗? 因为实际聚合可能远不止8个S，这样两端同时配位会不会和实际相差较远呢

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Author: dnlx 时间: 2024-7-1 21:57

xsc6 发表于 2024-7-1 20:27
您说的是两端S同时配位吗? 因为实际聚合可能远不止8个S，这样两端同时配位会不会和实际相差较远呢

短链应该是一端配位稳定；长链可能是螯合甚至桥连。具体需要尝试。但底线是，端头的硫更容易配位。

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