计算化学公社

标题: 利用gmx rdf得到的径向分布函数函数没有第一溶剂层的峰 [打印本页]

作者
Author: qyl 时间: 2024-7-1 14:47
标题: 利用gmx rdf得到的径向分布函数函数没有第一溶剂层的峰
目的：利用gromacs模拟出二聚体分子与水分子溶剂的第一配位层团簇模型。
问题：NPT平衡后得到的径向分布函数函数并没有出现第一溶剂层的峰。理论上来说这个二聚体是水溶的，应该存在与水分子的第一溶剂层的壳，最后g(r)趋近于1。图片分别是平衡后的弛豫图片和单独显示的二聚体分子的图片以及平衡之前插入盒子的二聚体分子图片。平衡后，二聚体分子变成了链状。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-1 17:52
加上-surf

作者
Author: qyl 时间: 2024-7-2 20:09

sobereva 发表于 2024-7-1 17:52
加上-surf

老师，我加上-surf mol时出来的径向分布函数曲线纵坐标很大。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-2 21:34

qyl 发表于 2024-7-2 20:09
老师，我加上-surf mol时出来的径向分布函数曲线纵坐标很大。

-surf mol时本来就该是这样，和一般rdf定义不同

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：
(, 下载次数 Times of downloads: 7)

当前0.2、0.3左右有峰，已经体现出配位层的存在了

作者
Author: qyl 时间: 2024-7-3 10:48
本帖最后由 qyl 于 2024-7-3 10:50 编辑

sobereva 发表于 2024-7-2 21:34
-surf mol时本来就该是这样，和一般rdf定义不同

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www. ...

老师，对于一般rdf定义，一般都会收敛于1，我的初始盒子插入了20个二聚体分子，根据一般rdf定义球层内的数密度与其平均数密度的比值，应该也可以体现出第一溶剂层的峰吧？体现不出来第一溶剂层的峰，是因为插入的二聚体分子数量太少，配位层数量增加不多，相对于平均数密度，还是体现不出来。这样理解对吗？

作者
Author: qyl 时间: 2024-7-3 11:17

sobereva 发表于 2024-7-2 21:34
-surf mol时本来就该是这样，和一般rdf定义不同

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www. ...

老师，按照rdf的一般定义，一定球层内的数密度与其平均数密度的比值，最后趋近于1，按照一般定义来统计体现不出来第一溶剂层的峰，是因为插入的二聚体分子数量太少，球层内增加的水分子的密度与其平均数密度相比增加不大，所以体现不出来第一溶剂层的峰，这样理解对吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-3 20:17

qyl 发表于 2024-7-3 11:17
老师，按照rdf的一般定义，一定球层内的数密度与其平均数密度的比值，最后趋近于1，按照一般定义来统计体 ...

从rdf计算原理上考虑
要明白rdf是所有被考虑的原子对的平均，想清楚当前都总共计算了哪些、多少原子对，自然就能理解结果为什么是这样

作者
Author: qyl 时间: 2024-7-4 22:21

sobereva 发表于 2024-7-3 20:17
从rdf计算原理上考虑
要明白rdf是所有被考虑的原子对的平均，想清楚当前都总共计算了哪些、多少原子对， ...

老师，现在文章的径向分布函数一般都是常规的，我把这个非常规的径向分布函数放到文章里，会被质疑吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-5 08:50

qyl 发表于 2024-7-4 22:21
老师，现在文章的径向分布函数一般都是常规的，我把这个非常规的径向分布函数放到文章里，会被质疑吗？

给清楚定义，没什么可质疑的，本来都已经成为了gromacs的一个功能

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