计算化学公社

标题: 使用Multiwfn生成复合物结合部位的电荷信息该怎么选择关键词？ [打印本页]

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-7-1 15:47
标题: 使用Multiwfn生成复合物结合部位的电荷信息该怎么选择关键词？
本帖最后由 YuniJ 于 2024-7-1 15:49 编辑

目的：将聚合物共价修饰到蛋白质上
操作：将聚合物反应端和蛋白质N端的连接区域单独抠出来（附件1：peg_asp.mol2）,通过vmd进行了加氢操作，并且观测结构无重叠部分，搜索相关化学知识初步判断结构应该没有问题
问题：使用Multiwfn默认关键词计算RESP原子电荷，报错

Optimization stopped.
-- Number of steps exceeded, NStep= 138
-- Flag reset to prevent archiving.

使用关键词：# B3LYP/def2SVP opt=loose scrf(solvent=water)

想请教一下各位老师，是否是因为关键字的原因？如果是的话我应该考虑哪些方面呢？

作者
Author: student0618 时间: 2024-7-1 16:37
本帖最后由 student0618 于 2024-7-1 16:58 编辑

Your structure has many problems.
(, 下载次数 Times of downloads: 19)

If you know the name of this modified residue but you don't know what the problem is, try to google and check its structure and protonation.

If it is a modified residue within a protein, you also need to cap the two sides. Or if its modified terminal, you may still need to cap one end. Search for "非标准残基" in http://sobereva.com/soft/Sobtop/

(, 下载次数 Times of downloads: 19)

(edited post to fix problems in figures)

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-1 17:41
当前结构什么都不是，优化哪怕收敛了也毫无意义
怎么算单个残基的RESP电荷，在下文3.4节给了明确的例子
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-7-1 20:16

student0618 发表于 2024-7-1 16:37
Your structure has many problems.

Thank you for your answer. The non-standard residue is polyethylene glycol (PEGylation). Are you saying that I need to look up the protonation state of PEGylation and then proceed according to FAQ 5 in sobtop?

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-7-1 20:20

sobereva 发表于 2024-7-1 17:41
当前结构什么都不是，优化哪怕收敛了也毫无意义
怎么算单个残基的RESP电荷，在下文3.4节给了明确的例子
R ...

谢谢老师的回答，我想请教一下老师那我应该怎么构建这个结构呢？聚乙二醇的反应端是CH3O，蛋白质N端是ASP，因为不是化学背景所以可能在结构上有些搞不清楚，不好意思老师

作者
Author: student0618 时间: 2024-7-1 21:17
本帖最后由 student0618 于 2024-7-1 21:58 编辑

YuniJ 发表于 2024-7-1 20:16
Thank you for your answer. The non-standard residue is polyethylene glycol (PEGylation). Are you s ...

sob老師給的帖文有使用sobtop更詳盡的例子 faq5 只是大概的做法

The structure of modified residue, how PEG covalently modified the protein N-terminal, its protonation etc 這些不確定就查一查自己要做simulation的東西長什麼要清楚哦

PEG 的話也要check要用多少repeating units，現在是否真的足夠？如果有多個repeating unit的話這可能要另外處理哦

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-7-2 08:27

student0618 发表于 2024-7-1 21:17
sob老師給的帖文有使用sobtop更詳盡的例子 faq5 只是大概的做法

The structure of modified residue, ...

谢谢您！

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-7-3 19:30

sobereva 发表于 2024-7-1 17:41
当前结构什么都不是，优化哪怕收敛了也毫无意义
怎么算单个残基的RESP电荷，在下文3.4节给了明确的例子
R ...

请问老师我按照3.4形成PEG反应端-ASP-NME模型体系，拟合了peg和蛋白连接区域的静电，下一步我可以直接删除NME，然后怼回原来的蛋白质结构中吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-3 20:13

YuniJ 发表于 2024-7-3 19:30
请问老师我按照3.4形成PEG反应端-ASP-NME模型体系，拟合了peg和蛋白连接区域的静电，下一步我可以直接删 ...

可以

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