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标题: 平衡MD模拟与PMF自由能计算过程的先后顺序考虑问题 [打印本页]

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Author: JCenter 时间: 2024-7-3 02:50
标题: 平衡MD模拟与PMF自由能计算过程的先后顺序考虑问题
请教下大家，有关于的MD平衡模拟和PMF计算自由能的先后顺序：对于平衡MD而言，我在一个充满水的边长为5nm的盒子中添加了5个环糊精和5个哌嗪分子（使用gaff力场参数结合resp2(0.5)电荷，spc/e三点水），1bar和298K下平衡相1ns,产生相为20ns。通过观察轨迹和rdf,发现环糊精和哌嗪各自游离在水中，通过rdf得到的配位数也说明了这一点。接着，在同样的水环境下，我又做了伞状采样计算了一个哌嗪从一个环糊精空腔中拉出过程的PMF曲线（一维自由能）。其中，环糊精的部分原子进行位置限制，空腔朝向z方向，沿z轴拉出哌嗪，不同的窗口按照所需进行力常数调节，每个窗口1ns预平衡和20ns充分采样，窗口overlapping,通过直方图分析法wham计算了PMF。PMF图中发现在端口处的相对自由能为负，说明端口处可以结合,但是与之矛盾的是，平衡MD过程中两者并没有相互靠近。因此，对于平衡MD和PMF而言，我这么理解的：应该先看平衡MD，两种分子是否会相互吸引和"结合"，具有高的径向分布函数代表"结合"，如果会靠近吸引，再计算PMF，看是否进空腔。如果平衡MD模拟过程中两者都没有相互靠近，正如图中的那样，就没必要计算PMF以确定哌嗪是在端口结合还是在空腔内结合了。还请大家看看我的想法和理解对不对，感谢大家。

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