计算化学公社

标题: 转换fch文件出现报错 [打印本页]

作者
Author: 学习ing 时间: 2024-7-3 08:35
标题: 转换fch文件出现报错
各位老师好，我计算一个体系的激发态，输出文件正常结束，chk文件输出有70.18G，转换fch文件出现内存错误，论坛中谈到的方法 export GAUSS_MEMDEF=2000000000 已经试过，与超算工程师交流说是文件问题，已重复计算三次，换过cam-b3lyp计算，显示错误如下

(, 下载次数 Times of downloads: 12)

计算体系为石墨烯与CdSe，其中石墨烯由336个原子组成，CdSe由26个原子组成（是个球形），泛函与基组如下

(, 下载次数 Times of downloads: 18)
(, 下载次数 Times of downloads: 12)
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想请问各位老师，输入文件上可有什么错误，如没有这种问题该如何解决，感谢各位老师

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-3 08:53
GAUSS_MEMDEF=2000000000根本不够，这才相当于1907MB，提示写明了要4911MW，折合39288MB。根本不是文件的问题

作者
Author: 学习ing 时间: 2024-7-3 08:59

sobereva 发表于 2024-7-3 08:53
GAUSS_MEMDEF=2000000000根本不够，这才相当于1907MB，提示写明了要4911MW，折合39288MB。根本不是文件的问 ...

好的，谢谢老师，我再与工作人员交流一下

作者
Author: 乐平 时间: 2024-7-3 11:22

sobereva 发表于 2024-7-3 08:53
GAUSS_MEMDEF=2000000000根本不够，这才相当于1907MB，提示写明了要4911MW，折合39288MB。根本不是文件的问 ...

请教 Sob 老师
运行 formchk 命令也可以指定内存使用量吗？

如果写在 formchk 前面，会报错

# %mem=100GB formchk h2o.chk
-bash: fg: %mem=100GB: no such job

复制代码

如果写在 formchk 结尾，不知道是否调用了更多的内存

# formchk h2o.chk %mem=100GB
Read checkpoint file h2o.chk type G16
Write formatted file %mem=100GB.fchk
FChkPn: Coordinates translated and rotated.
FChkPn: Coordinates match /B/ after translation and rotation.

复制代码

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-3 19:43

乐平发表于 2024-7-3 11:22
请教 Sob 老师
运行 formchk 命令也可以指定内存使用量吗？

%mem是gjf里的，不能写在命令行里
指定formchk的内存最多使用量要么用GAUSS_MEMDEF环境变量，要么加上-m（G16 C.01及之后支持），例如formchk -m=1GB foo.chk

作者
Author: 乐平 时间: 2024-7-3 23:34

sobereva 发表于 2024-7-3 19:43
%mem是gjf里的，不能写在命令行里
指定formchk的内存最多使用量要么用GAUSS_MEMDEF环境变量，要么加上-m ...

谢谢 Sob 老师指导

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