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标题: 想用GMX模拟硅酸盐玻璃，怎样建立硅酸盐玻璃的结构呢？ [打印本页]

作者
Author: yihanxu 时间: 2024-7-3 10:48
标题: 想用GMX模拟硅酸盐玻璃，怎样建立硅酸盐玻璃的结构呢？
各位老师好！我想用Gromacs模拟硅酸盐玻璃，涉及到Mg、Al、Si、O四种元素，玻璃结构是个比较随机的三维网络，那么怎样建立硅酸盐玻璃的结构呢？我看到LAMMPS是按几种元素的摩尔比例随机摆放原子建立初始结构，可是对于Gromacs该怎么办呢？感谢各位老师关注与指教！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-3 19:48
应该能找到化学组成差不多的晶体结构，弄成超跑，用CP2K跑高温的AIMD然后退火
GROMACS未必适合这个，看具体什么条件下模拟什么问题

作者
Author: yihanxu 时间: 2024-7-9 18:06
本帖最后由 yihanxu 于 2024-7-9 18:33 编辑

sobereva 发表于 2024-7-3 19:48
应该能找到化学组成差不多的晶体结构，弄成超跑，用CP2K跑高温的AIMD然后退火
GROMACS未必适合这个，看具 ...

谢谢sob老师，为什么说GROMACS未必适合呢？interface力场可以用于无定形二氧化硅吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-10 14:44

yihanxu 发表于 2024-7-9 18:06
谢谢sob老师，为什么说GROMACS未必适合呢？interface力场可以用于无定形二氧化硅吗？

在于适合的力场里未必有GROMACS能够支持的形式。特别是如果做退火模拟中牵扯到化学键成键断键过程，那是GROMACS肯定模拟不了的。
某类体系能用什么力场搜文献便知

作者
Author: yihanxu 时间: 2024-7-10 17:58
本帖最后由 yihanxu 于 2024-7-10 18:26 编辑

sobereva 发表于 2024-7-10 14:44
在于适合的力场里未必有GROMACS能够支持的形式。特别是如果做退火模拟中牵扯到化学键成键断键过程，那是G ...

谢谢sob老师！如果力学过程不涉及断键只涉及分子间作用的变化是不是都可以用GMX的拉伸动力学去模拟呢，比如模拟复合材料在拉伸、压缩、剪切条件下的破坏机理，即玻璃与高分子材料界面之间或高分子分子间的脱粘，GMX的拉伸动力学是可以做到的吗？我在文献中看到过用GMX模拟硅酸盐，是不是可以拿来用就行呢，拉伸动力学对力场参数及其形式有什么特别要求吗？另外如果构建硅酸盐结构太麻烦的话我考虑用SiO2代替硅酸盐做模拟，INTERFACE力场可以模拟晶态SiO2，但是我不懂它适不适合无定形形式的？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-10 23:17

yihanxu 发表于 2024-7-10 17:58
谢谢sob老师！如果力学过程不涉及断键只涉及分子间作用的变化是不是都可以用GMX的拉伸动力学去模拟呢，比 ...

是。但是不能拉伸得过头，大多数力场主要只能对势能面极小点附近的势能面特征有合理描述
只要有文献用了gromacs模拟，说明那种问题肯定能用gromacs
有像样的文献用过就可以用

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