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标题: 在离线服务器centos7.9上尝试安装的cp2k各个版本 [打印本页]

作者
Author: 萌新努力学习 时间: 2024-7-3 16:44
标题: 在离线服务器centos7.9上尝试安装的cp2k各个版本
本帖最后由萌新努力学习于 2024-7-3 16:44 编辑

第一次接触安装cp2k，感觉这个是真的难安，一开始想尝试使用版主推荐的docker安装，使用虚拟机的ubantu版本，毕竟是联网的安装，可以一步到位，但尝试了各种办法都失败了，一直卡在网速上，不管是pull还是docker toolchain都不行，期间换了docker的国内镜像，在虚拟机上联机主机使用clash都不行，没办法只好用toolchain的离线安装了（这个方面我是看sobereva和大冰释之川佬的，帖子地址http://bbs.keinsci.com/thread-21608-1-1.html
给老爷机离线安装CP2K-2022.2的笔记 - 第一性原理 (First Principle) - 计算化学公社 (keinsci.com)）。

首先是cp2k的5.1版本
这个上面我尝试的最多，我想安装的是一个改动过的特殊版本，一开始是使用intel编译器安装，通过yoghurt117大佬的方法使用，前面各种库的安装都很正常，但到了最后一步显示失败，我又尝试使用gcc编译，改了一下其中的gcc_install和elpa_install好像还有其他的install时间有点长了有点记不住了，总之和之前一样都是前面的库安装成功，但最后编译显示失败，我看了一下原因，显示的是改过的c++代码有问题，像是没有引用好其他文件里的变量，我把生成的local.popt文件里的-werror=unused-variable的去掉，显示编译成功，但一测试就报错显示地址内存溢出，经过test错的也不少，没办法只能放弃这个特殊版本，但经过这么多更改后使用./install_cp2k_toolchain.sh安装正常版本的5.1已经是没有任何问题了。经过测试也是没有一点错误。

接下来是8.1版本的安装
这个版本的gcc10.2版本本身有一点问题，他的__has_include用法出错，在10.3版本上好像是修复了，但是在gcc10.2上确实还是存在，在gcc_install上面有一个patch循环（主体在scripts/files文件夹下），这个就是解决问题的小脚本（add patch for GCCcore 10.2 to fix __has_include regression by boegel · Pull Request #11627 · easybuilders/easybuild-easyconfigs (github.com)），但是我安装的gcc仍然存在这个问题，在安装libint-2.6-lmax时一直显示失败，我更换了各个版本的libint安装，在2.6所有版本上都不能使用，只有退回libint-1.1.6，当编译成功时，使用cp2k.popt --version发现不支持libint的库，没有检测到，用test测试会有80多个错误和20多的失败，没有办法，这个版本我是安不好了，同理的8.2版也是一样的问题

7.1和9.1版本的安装
这个就没什么大问题了，用./install_cp2k_toolchain.sh直接安装就行。

至于2022后面的版本，centos7.9就太老了，他的gcc不兼容，如果你想安的话需要更新一下ld和as，安装一下新版本的binutils，然后把新版的ld路径写到你的bashrc里面或者有root写到系统路径下面（Centos 下 ld 链接器版本更新 | 一个懒散的程序猿 (catcheroftime.github.io)），如果你的linux版本太老不建议安装太新的cp2k，各种问题，比如使用的libgfortran的库会提示你太老了，要使用libgfortran.so.5或者6，你这时候要跟新一下libgfortran.so的软连接，GLIBC之类的库也会提示你版本不对，这些麻烦的很。

最后一点小问题：1.gcc组件：gcc的gmp，mpc之类的包有的gcc压缩包里面没有，这时候你安装gcc就会提示你下载失败，你进入gcc_install把
[ -d gcc-${gcc_ver} ] && rm -rf gcc-${gcc_ver}tar -xzf gcc-${gcc_ver}.tar.gz
这两行删掉，这两段大概在40行左右，去看/tools/toolchain/build/gcc-8.3.0/contrib下的download_prerequisites文件，里面写的是你要下载的gcc组件的版本，去国内的镜像网站下载（https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/gnu/），把你需要的组件都下在到build/gcc的里面解压，然后重新用./install_cp2k_toolchain.sh就行，这样有可能会显示你obj已经存在，你把build/gcc的obj删掉就行。

2.下载的命令：一般采用上面俩大佬推荐的就行，我使用的是--no-check-certificate --install-all --mpi-mode=openmpi --with-mkl=system，反正看你想安什么库就用--with-库=install就行，要想全部安装用我用的命令就行
3.cp2k库地址：Index of /static/downloads (cp2k.org)
4.经过安装我发现最好使用toolchain里面推荐的gcc，实在不行更换一下相近的版本也行，使用相差过大版本的gcc到最后大概率编译失败，编译成功也有可能测试失败

作者
Author: mizu-bai 时间: 2024-7-4 11:43
本帖最后由 mizu-bai 于 2024-7-4 11:47 编辑

我昨天刚刚成功在 CentOS 6.9 的老爷机里编译了 CP2K 2024.1

(, 下载次数 Times of downloads: 19)

主要流程如下

1. 开了一个 CentOS 6.9 虚拟机，用 yum downloadonly 下载了 devtoolset 包，再传到服务器上安装，就有办法用上 gcc 9.1.1 了
2. 在本地 clone 下来一个 CP2K-2024.1，在 toolchain/build 下塞进去需要的包。其中 gcc-13.2.0 先解压之后，./contrib/download_prerequisites 把东西先下好，再重新打包回 gcc-13.2.0.tar.gz，最后把整个 CP2K 2024.1 文件夹打包好传上服务器
3. CentOS 6.9 的 glibc 版本太低了，如果 --with-cmake=install 的话，装了也用不了，自己另外在机器上装了一个 cmake 3.25.2，可以使用。另外得确保系统上有个能用的 Python3，有些依赖包里有脚本需要 Python3 来运行。
4. 加载好 devtoolset 里的 gcc-9.1.1，自己装的 cmake 3.25.2，以及 Python3，编译 toolchain

./install_cp2k_toolchain.sh --with-sirius=no --with-openmpi=install --with-plumed=install --with-gcc=install --with-intel=no --with-cmake=system

复制代码

5. 编译好 toolchain 生成 arch file 后 copy 到 arch 文件夹下，在 local.psmp 和 local.ssmp 的 LIBS 一行最后添加 -lrt，最后 make -j 32 ARCH=local VERSION="ssmp psmp" 便大功告成。

LIBS = -lsymspg -l:libplumed.a -ldl -lstdc++ -lz -ldl -lgsl -lelpa_openmp -lcosma_prefixed_pxgemm -lcosma -lcosta -lscalapack -lxsmmf -lxsmm -ldl -lpthread -llibgrpp -lxcf03 -lxc -lint2 -lfftw3_mpi -lfftw3 -lfftw3_omp -lmpi -l:libopenblas.a -lvori -lstdc++ -lstdc++ -lrt

复制代码

作者
Author: 萌新努力学习 时间: 2024-7-4 17:42

mizu-bai 发表于 2024-7-4 11:43
我昨天刚刚成功在 CentOS 6.9 的老爷机里编译了 CP2K 2024.1

又增加了一种方式，使用devtoolset应该可以解决ld版本之类的问题，我在加载其他版本gcc时服务器的ld之类软连接没有更改，所以仍然显示错误，使用devtoolset一套独立的环境可以不用更改软连接就方便太多了，毕竟服务器初始的设置能不改就不改

作者
Author: mizu-bai 时间: 2024-7-4 18:44
本帖最后由 mizu-bai 于 2024-7-4 18:48 编辑

萌新努力学习发表于 2024-7-4 17:42
又增加了一种方式，使用devtoolset应该可以解决ld版本之类的问题，我在加载其他版本gcc时服务器的ld之类 ...

是的，用 devtoolset 编译的时候 ld 确实不是原来的，而且我试了一下，似乎在编译完调用 CP2K 的时候不用加载 devtoolset，只加载 toolchain 的 setup 就能跑了。但很奇怪的是直接用 devtoolset 的 gcc 去编译的时候，libgomp 会有问题，从头编译 toolchain 里的 gcc 就没这个问题了。

作者
Author: 萌新努力学习 时间: 2024-7-9 16:48

mizu-bai 发表于 2024-7-4 18:44
是的，用 devtoolset 编译的时候 ld 确实不是原来的，而且我试了一下，似乎在编译完调用 CP2K 的时候不用 ...

对，libgomp应该是一个动态共享库，在devtoolset里面的gcc应该是没有这类的共享库的，像libstdc++.so.6这种都是没有的，但用toolchain重新安装的gcc是有的，并且路径写在了setup里面

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