sobereva 发表于 2024-7-4 07:17
我就看了碳酸根的itp,没看出什么异常。先在真空下跑跑
牧生 发表于 2024-7-4 08:30
已经试过了,跑真空下碳酸根没问题,跑真空下碳酸根和钠离子没问题,但一旦碳酸根和水放一起跑,就必然Un ...
七尺贱 发表于 2024-7-4 13:02
是不是总的电荷不为0报错了
牧生 发表于 2024-7-4 13:22
碳酸根的电荷为-2是才是合理的,但这样会出现Unusual bond
七尺贱 发表于 2024-7-4 13:26
那你也加了2倍数量的阳离子了嘛
低调的板凳 发表于 2024-7-4 14:17
试了一下integrator = steep 改cg就能pass,你可以试下。。。 不确定后续有没有问题
slxc920113 发表于 2024-7-4 15:24
试试这篇文献里面的CO3的参数呢,电荷加了系数,不是-2。
牧生 发表于 2024-7-4 16:04
谢谢,正常跑起来了,没有任何异常,但这个似乎是针对碳酸钙固体里面的参数。如果当做碳酸根离子来用,离 ...
牧生 发表于 2024-7-4 14:50
改成cg以后,跑em似乎没问题,但打开跑完得到的gro文件,照样Unusual bond
低调的板凳 发表于 2024-7-4 17:31
打开gro文件查看了一下,几对异常成键的例子里,大部分都是O原子和水的H原子距离过近,看了几个有1.33埃 ...
牧生 发表于 2024-7-4 08:30
已经试过了,跑真空下碳酸根没问题,跑真空下碳酸根和钠离子没问题,但一旦碳酸根和水放一起跑,就必然Un ...
sobereva 发表于 2024-7-5 08:43
你的压缩包里没有gro文件
牧生 发表于 2024-7-4 18:39
能量极小化以后,的确是可以进一步跑NPT的,但是跑几十ns以后,就很容易出现报错,就停止了。
sobereva 发表于 2024-7-5 10:26
用resid 1 6035就能看到下图,是H...O的静电作用太强导致距离较近,判断出了键导致提示unusual bond
牧生 发表于 2024-7-5 10:40
我知道是电荷作用太强导致的问题。如果我把碳酸根的电荷改的的接近0,实际上是可以不报错顺利跑完的。。
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