计算化学公社

标题: 用sobNEB工具生成NEB插点过程中，有些插点结构出现巨大变化怎么解决 [打印本页]

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Author: THY 时间: 2024-7-4 09:38
标题: 用sobNEB工具生成NEB插点过程中，有些插点结构出现巨大变化怎么解决
小弟初学CP2K，最近想模拟 N原子和O原子Al2O3表面上形成NO的过程，或者说是LH过程，分别优化好了N，O在Al2O3吸附结构，和NO在Al2O3吸附的结构，现在想计算N+O➡NO这个过程的过渡态，使用CI-NEB，用卢老师的sobNEB插点工具，在生成中间结构的时候，有部分结构形变巨大，完全脱离实际情况，请问这种情况应该怎么办呢？

附件中包含了反应物R，生成物P的相关计算文件，恳请大佬帮忙看一看 (, 下载次数 Times of downloads: 7)

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-5 10:12
我没时间具体看文件，中途变形大说明中间缺乏自己手动给的额外插点。搞清楚此程序是对用户提供的相邻结构间进行线性插点

作者
Author: THY 时间: 2024-7-5 10:38

sobereva 发表于 2024-7-5 10:12
我没时间具体看文件，中途变形大说明中间缺乏自己手动给的额外插点。搞清楚此程序是对用户提供的相邻结构间 ...

谢谢老师，我尝试过在中间手动插点后，再用sobneb，但仍然会有几个点的结构发生巨大变化，我怀疑是初末态晶体结构的表面发生了轻微的变化，而我手动插点仅仅改变了N和O的位置，对于晶体结构没有去调整，请问这种情况该怎么办？这种表面结构发生的变化是轻微的，而且是比较多的原子的，难以去调节表面每个原子的变化呀

作者
Author: THY 时间: 2024-7-5 14:29
本帖最后由 THY 于 2024-7-5 14:30 编辑

从sobneb中导出轨迹文件，一共7个插点，把每一帧结构截取出来，发现从第5个结构开始，就乱了，而且第7个结构也不是我末态结构，这是咋回事呀？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-7 15:42

THY 发表于 2024-7-5 14:29
从sobneb中导出轨迹文件，一共7个插点，把每一帧结构截取出来，发现从第5个结构开始，就乱了，而且第7个结 ...

VMD里看清楚提供自己提供的每一个xyz文件里原子的具体坐标位置（将笛卡尔轴显示在中央便于判断），并且确保原子顺序一致
没有其它可说的。还有什么问题一律结合sobNEB的原理去思考和解决

作者
Author: THY 时间: 2024-7-7 15:46
本帖最后由 THY 于 2024-7-7 15:55 编辑

sobereva 发表于 2024-7-7 15:42
VMD里看清楚提供自己提供的每一个xyz文件里原子的具体坐标位置（将笛卡尔轴显示在中央便于判断），并且确 ...

老师，确实是因为原子序号发生改变，导致轨迹乱了，但是为啥几何优化后，原子顺序就变了呢？例如计算前的O原子序号是148，计算后O原子的序号就变成152了（从几何结构上看是同一个O原子）

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-7 15:56

THY 发表于 2024-7-7 15:46
老师，确实是这个问题，但为啥几何优化后，原子顺序就变了呢？例如计算前的O原子序号是148，计算后O原子 ...

只能自己检查、对比每一步操作牵扯到的文件，我没法准确告诉你

作者
Author: THY 时间: 2024-7-7 16:00

sobereva 发表于 2024-7-7 15:56
只能自己检查、对比每一步操作牵扯到的文件，我没法准确告诉你

谢谢老师指点

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