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标题: CentOS 6.9 老爷机离线安装 CP2K 2024.1 [打印本页]

作者
Author: mizu-bai 时间: 2024-7-4 11:57
标题: CentOS 6.9 老爷机离线安装 CP2K 2024.1

CentOS 6.9 老爷机离线安装 CP2K 2024.1

昨天刚刚成功在 CentOS 6.9 的老爷机里编译了 CP2K 2024.1，我们组有两个集群，老集群上至 x58，下至 x99，一共有 X5650、E5-2670 和 E5-2630v4。虽然都是快入土的 CPU，但好在数量多，为了不和其他人抢新集群跑 AIMD，就跑去把老集群吃干抹净了。

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主要流程如下

1. CentOS 6.9 yum 源里的 gcc 版本太低了，好在还有 devtoolset 能装上更高版本的 gcc，于是先在本地开了一个 CentOS 6.9 虚拟机，用 yum downloadonly 下载了 devtoolset 包，再传到服务器上安装，就有办法用上 gcc 9.1.1 了。
2. 在本地 clone 下来一个 CP2K-2024.1，在 toolchain/build 下塞进去需要的包。其中 gcc-13.2.0 先解压之后，./contrib/download_prerequisites 把东西先下好，再重新打包回 gcc-13.2.0.tar.gz，最后把整个 CP2K 2024.1 文件夹打包好传上服务器。
3. CentOS 6.9 的 glibc 版本太低了，如果 --with-cmake=install 的话，装了也用不了，自己另外在机器上装了一个 cmake 3.25.2，可以使用。另外得确保系统上有个能用的 Python3，有些依赖包里有脚本需要 Python3 来运行。
4. 加载好 devtoolset 里的 gcc-9.1.1，自己装的 cmake 3.25.2，以及 Python3，编译 toolchain。

./install_cp2k_toolchain.sh --with-sirius=no --with-openmpi=install --with-plumed=install --with-gcc=install --with-intel=no --with-cmake=system

复制代码

5. 编译好 toolchain 生成 arch file 后 copy 到 arch 文件夹下，在 local.psmp 和 local.ssmp 的 LIBS 一行最后添加 -lrt，最后 make -j 32 ARCH=local VERSION="ssmp psmp" 便大功告成。

LIBS = -lsymspg -l:libplumed.a -ldl -lstdc++ -lz -ldl -lgsl -lelpa_openmp -lcosma_prefixed_pxgemm -lcosma -lcosta -lscalapack -lxsmmf -lxsmm -ldl -lpthread -llibgrpp -lxcf03 -lxc -lint2 -lfftw3_mpi -lfftw3 -lfftw3_omp -lmpi -l:libopenblas.a -lvori -lstdc++ -lstdc++ -lrt

复制代码

随便跑了一下 H2O-64，也没有调优，双路 X5650 一圈 SCF 1.7 s，E5-2670 和 E5-2630v4 都在 0.9 s 左右，组里最快的 6336Y 0.3 s，反正 AIMD 放那边慢慢跑就是了。

作者
Author: 不想飞的猫头鹰 时间: 2024-7-31 10:31
感谢分享经验，想请教下build 目录下需要的包应该怎么下载呀？有没有用windows下载这些包的方法呢

作者
Author: Santz 时间: 2024-7-31 12:26

不想飞的猫头鹰发表于 2024-7-31 10:31
感谢分享经验，想请教下build 目录下需要的包应该怎么下载呀？有没有用windows下载这些包的方法呢

这里可以下载对应版本的软件包，CP2K-2024.1的 build 下载，密码bj9b。

作者
Author: 不想飞的猫头鹰 时间: 2024-8-1 14:41

Santz 发表于 2024-7-31 12:26
这里可以下载对应版本的软件包，CP2K-2024.1的 build 下载，密码bj9b。

太感谢啦

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