计算化学公社

标题: 请教各位老师可以使用cp2k优化结构，然后用vasp计算结合能吗 [打印本页]

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Author: joansaber 时间: 2024-7-4 19:43
标题: 请教各位老师可以使用cp2k优化结构，然后用vasp计算结合能吗
本帖最后由 joansaber 于 2024-7-4 19:45 编辑

各位老师好，想请教各位老师几个比较浅显的问题，谢谢（本人刚接触DFT计算，很多东西还不是很懂，所以可能有些基础知识还不是很清楚，请各位老师不吝赐教，谢谢）：
1.看到文献中钙钛矿DFT计算（VASP）的晶体结构铅原子是在格点位置上，而碘原子是偏离平衡位置的（附件1），但是自己用VASP和CP2K中进行结构优化，最后的结果铅、碘仍在格点位置，后来查了之后发现可能是DFT计算是在0k下的，然后我用cp2k去跑了MD（298.15k，然后将restart文件用Multiwfn转换成POSCAR，然后用VESTA打开），确实发现碘原子是偏离了平衡位置，但是感觉不如文献中那么规则的偏移（附件2），所以我想问文献中的这种结构确实是通过MD得到的吗？还是说通过单纯的结构优化就能得到呢？以及做完MD后得到的restart文件中的各原子坐标就是最后在298.15k下结构优化后的结构吗？
2.由于CP2K计算速度和VASP相比有很大的优势，但是听说其结合能计算可能会有一些问题，所以能否用CP2K跑MD（或者是结构优化）（PBE/DZVP-MOLOPT-SR-GTH），得到的结构作为VASP的POSCAR（固定原子），直接计算单点能（ISIF=0）从而计算结合能？这中间会有什么坑吗？或者是能否在CP2K中使用TZVP-MOLOPT-GTH（或更高的基组以及更高的截断能，大概哪个开始会比较合适？）跑MD（或者是结构优化）得到的结构再进一步用CP2K计算其能量（基组需要选更大的吗）？又或许用CP2K优化结构后，再用VASP优化一下结构，然后再用VASP计算能量？（但是如果CP2K是用MD得到的结构，那用VASP再优化一次，岂不是又变回了0k下的结构也就是碘原子在平衡位置上？）

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-5 09:30
“其结合能计算可能会有一些问题” 纯粹是以讹传讹。从头到尾都用CP2K就完了
北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）页面里专门有一段话

最后再提一句，在网上曾流传什么“CP2K算结合能、算能垒不准”的言论，我们在这里郑重表示这种说法纯属无稽之谈！有这种错误印象的人，要么是被以讹传讹，要么是缺乏CP2K最基本常识导致了严重错觉（诸如用区区DZVP-MOLOPT-SR-GTH这种低档次基组算结合能却还不知道要考虑counterpoise校正，或者只用很小晶胞却不知道考虑k点就去算晶体属性之类，这能算准就怪了。这和Gaussian用户只用6-31G*算相互作用能、VASP只用很低的截断能算属性然后结果烂是一个道理，自己无知居然还怪程序有问题。这些人要是参加过本培训好好学一遍，就肯定不会再说出那种荒谬的话了）。

“DFT计算是在0k下的”这种描述不当。要看是否以及怎么考虑的smearing、设了多少电子温度

文献里是什么结构文献里自然有说，没说清楚就发邮件问作者

作者
Author: joansaber 时间: 2024-7-5 10:44

sobereva 发表于 2024-7-5 09:30
“其结合能计算可能会有一些问题” 纯粹是以讹传讹。从头到尾都用CP2K就完了
北京科音CP2K第 ...

非常感谢社长您的回复！嗯嗯，明白了社长，我再仔细学习学习！

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-7-5 11:40

joansaber 发表于 2024-7-5 10:44
非常感谢社长您的回复！嗯嗯，明白了社长，我再仔细学习学习！

如果没有什么特殊原因尽可能不要混用程序，两个程序有可能会出现算出的最优结构有差异，从而引入偏差。首要的差异是赝势，在DFT计算（尤其是同样PBE）的情况GTH赝势要比VASP的PAW对LAPW全电子计算复现差，这个有delta测试数据支撑（其他材料这里暂不列举）；其次再是基组，尽管修正BSSE可能能修正一些偏差，但不见得能解决全部的问题，对原子基组来说即便尺寸足够大还得看基组构造质量；当然额外还有各种各样数值上的截断导致的偏差可以设置足够严格来消除差异。

原则上一般的程序应当没办法实现“在某个温度下”优化结构，说DFT计算在0K这个概念其实不太准确，这和DFT关系不大，要想清楚这点必须得知道Bohn-Oppenheimer近似和一些统计力学的概念，才会知道进行结构优化的意义和必要性。

作者
Author: joansaber 时间: 2024-7-5 12:07

卡开发发发表于 2024-7-5 11:40
如果没有什么特殊原因尽可能不要混用程序，两个程序有可能会出现算出的最优结构有差异，从而引入偏差。首 ...

好的！谢谢卡卡老师的回复！

作者
Author: 渡边京介 时间: 2025-4-15 10:58
这个是用什么软件可视化出来的啊

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-4-15 12:15

渡边京介发表于 2025-4-15 10:58
这个是用什么软件可视化出来的啊

vesta

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