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标题: 显示内存不足该如何解决 [打印本页]

作者
Author: sofia 时间: 2016-12-15 09:22
标题: 显示内存不足该如何解决
老师您好，我用的是windows版本的Multiwfn程序在载入一个比较大的fchk文件时，显示内存不足（forrtl: severe (41): insufficient virtual memory），请问该如何解决，谢谢老师

作者
Author: chrischen1128 时间: 2016-12-15 11:21
那就是用linux版本的Multiwfn

作者
Author: wswrpd 时间: 2016-12-15 14:28
我之前在Ubuntu系统里曾经遇到过这个问题，还发过贴你可以看看。
Windows不会出现这个问题，除非你真的是物理内存太小了，再买一个内存条呗

作者
Author: sobereva 时间: 2016-12-15 21:11
Windows版容易出现此问题，不管你实际内存多大，由于Multiwfn目前的Windows版是32bit的，至多能使用约3GB内存。
用Linux版一定能解决，Multiwfn的Linux版是64bit的，对内存没限制。即便物理内存不够，Linux系统也会调用swap
3L只是用ubuntu之类我不推荐的Linux系统才会遇上的特殊情况

作者
Author: 繁华落墓 时间: 2023-8-6 16:06
本帖最后由繁华落墓于 2023-8-6 16:07 编辑

sobereva 发表于 2016-12-15 21:11
Windows版容易出现此问题，不管你实际内存多大，由于Multiwfn目前的Windows版是32bit的，至多能使用约3GB内 ...

Sob老师您好，我使用Multiwfn计算RESP电荷时遇到了类似的问题，可以导入fchk文件但在计算RESP时提示forrtl: severe (41): insufficient virtual memory
使用的是Windows版Multiwfn，版本号Version 3.8(dev), release date: 2023-Jul-7，
后来又在Windows系统里安装了VMware，CentOs7.6系统以及Linux版最新的Multiwfn，均按照您教程和视频操作，仍然是同样的报错，
我尝试修改settings.in里的参数ompstacksize= 200000000，将其改到ompstacksize= 800000000，没有解决问题（两个版本都是），请教应该怎么做，感谢！
注：我的电脑系统是win11 22H2，内存16GB，硬盘空间足够，给虚拟机的设置内存8GB，硬盘100GB，fchk文件大于100MB。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-6 17:39

繁华落墓发表于 2023-8-6 16:06
Sob老师您好，我使用Multiwfn计算RESP电荷时遇到了类似的问题，可以导入fchk文件但在计算RESP时提示forrt ...

先把体系特征描述清楚
什么化学组成、什么基组，显然波函数的大小是导致这种问题最关键的因素
纯粹就是物理内存不够

作者
Author: 繁华落墓 时间: 2023-8-6 18:29

sobereva 发表于 2023-8-6 17:39
先把体系特征描述清楚
什么化学组成、什么基组，显然波函数的大小是导致这种问题最关键的因素
纯粹就是 ...

体系是一个包含CHON的纯有机分子，原子数在300左右，使用Gaussian09做了几何优化，用的是dft b3lyp，6-31G（d），
我本意是按照您在http://sobereva.com/soft/Sobtop/例1例2的教程，用sobtop产生拓扑文件用来md模拟，之前试了几个小一点的分子都没有问题，没想到需要内存量这么大，那现在请问如何解决呢？
1）是否可以换用低精度的基组（如3-21g），得到小一点的fchk文件再按上述计算，这样最终的模拟结构会与6-31g计算的有较大差别吗（应该不会吧）？
2）或者使用其他电荷（还请您推荐）代替RESP电荷，
以及您认为哪种方式更为合理？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-6 19:28

繁华落墓发表于 2023-8-6 18:29
体系是一个包含CHON的纯有机分子，原子数在300左右，使用Gaussian09做了几何优化，用的是dft b3lyp，6-31 ...

不带极化函数结果根本没法用
3-21G和6-31G都是垃圾
找个物理内存更大的机子算。内存16GB的机子根本就不是专门做计算的机子，别指望算大体系高耗时的任务。我也不信你的原子数在300左右的体系是拿这机子用B3LYP/6-31G*优化的

作者
Author: 繁华落墓 时间: 2023-8-6 20:48

sobereva 发表于 2023-8-6 19:28
不带极化函数结果根本没法用
3-21G和6-31G都是垃圾
找个物理内存更大的机子算。内存16GB的机子根本就不 ...

感谢老师指点！

作者
Author: 乐平 时间: 2023-8-6 21:15

繁华落墓发表于 2023-8-6 16:06
Sob老师您好，我使用Multiwfn计算RESP电荷时遇到了类似的问题，可以导入fchk文件但在计算RESP时提示forrt ...

从你的截图来看，你在算 ESP，而你没有调用 Gaussian 的 cubegen，用的是 Multiwfn 的 LIBRETA。

从你的描述来看，你说 “fchk 文件大于 100 MB”。请说明具体是多大？我猜你可能是说大约 100 MB？

如果是 100 MB，按理说 Windows 系统应该没问题。

另外，如果你读过 Multiwfn 的说明书，应该了解 settings.ini 里的 ompstacksize= 只对 Windows 系统有用，对于 Linux 系统是没用的。

如果你用 Linux 系统，且在 settings.ini 里指定了 cubegen 的路径，可以试试在 ~/.bashrc 里再添加

export GAUSS_MEMDEF=8GB

复制代码

作者
Author: ajw 时间: 2024-6-15 00:16

sobereva 发表于 2016-12-15 21:11
Windows版容易出现此问题，不管你实际内存多大，由于Multiwfn目前的Windows版是32bit的，至多能使用约3GB内 ...

你好，我在用Linux版的，仍然出现了这个问题。导入的系统有20万个原子，请问Multiwfn能处理这么多吗？如果能的话，请问怎么解决，非常感谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-15 00:46

ajw 发表于 2024-6-15 00:16
你好，我在用Linux版的，仍然出现了这个问题。导入的系统有20万个原子，请问Multiwfn能处理这么多吗？如 ...

我不知道你要算什么
如果算静电势相关的，没戏。20万个原子一般情况下也没有量子化学程序算得动

作者
Author: ajw 时间: 2024-6-17 18:20

sobereva 发表于 2024-6-15 00:46
我不知道你要算什么
如果算静电势相关的，没戏。20万个原子一般情况下也没有量子化学程序算得动

你好，感谢回复。是的，我想用charge distribution算静电势。那看来只能用python script来后处理了。感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-18 00:22

ajw 发表于 2024-6-17 18:20
你好，感谢回复。是的，我想用charge distribution算静电势。那看来只能用python script来后处理了。感谢 ...

如果你要用原子电荷算，Multiwfn也有现成的功能
基于原子电荷极快速绘制超大体系的分子表面静电势图
http://sobereva.com/639（http://bbs.keinsci.com/thread-28913-1-1.html）

不过若是要计算静电势的格点数据的话，这么大体系格点数据文件会巨大

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)