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标题: ubuntu安装Packmol流程整理 [打印本页]

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2024-7-5 11:13
标题: ubuntu安装Packmol流程整理
近期使用windows和ubuntu安装packmol，参照了Sob老师的帖子：分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)
Windows下安装很简单就不补充了，此处补充ubuntu安装流程，为其他和我一样零基础的且有需要的同学提供帮助：
1、安装Fortran编译器
更新包列表： sudo apt update
安装Fortran编译器：sudo apt install gfortran
验证安装：验证是否成功安装，并查看其版本信息gfortran --version
2、下载packmol安装包：官网Packmol - Initial configurations for Molecular Dynamics (m3g.github.io)
3、安装packmol
解压缩：unzip xx.zip
进入解压的目录：cd xx
编译：make
编译完成后当前目录会出现名为packmol的可执行文件，使用ls查看
到达packmol位置，获取路径：pwd假设路径为/hp/packmol-18.169
添加环境变量：
gedit ~/.bashrc
在最后一行加上路径
export PATH=$PATH:/hp/packmol-18.169
保存退出：按Esc然后冒号，qw
4、检验安装
输入packmol即可出现相关信息

作者
Author: dayu8278 时间: 2024-7-5 17:53
谢谢

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