计算化学公社

标题: CP2K用RIMP2来算碳管和水的相互作用能输入文件参数设置问题 [打印本页]

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Author: 18528305743 时间: 2024-7-5 16:06
标题: CP2K用RIMP2来算碳管和水的相互作用能输入文件参数设置问题
各位大佬好，我想要用RIMP2来算碳管和水的相互作用能，但是跑CP2K计算的时候出现一些小问题，想了很久找不出解决办法，不知道是不是我的参数设置的不合理，跑大体系跑不了，所以发帖向各位大佬求助，万分感谢。（附件是我的输入文件以及跑的时候出现的问题。）

作者
Author: 吞木木 时间: 2024-7-5 17:01
https://groups.google.com/g/cp2k/c/V6wsxjR39Fs/m/taL6CO3aBQAJ
https://groups.google.com/g/cp2k/c/HBLjpFJpKxM/m/hmO2mfZTBgAJ

看不到你的输出文件，但是或许这俩对你有一定的帮助

作者
Author: Stardust0831 时间: 2024-7-6 09:39
RI-MP2标度为O(N5)，本身就远比纯泛函其昂贵，是不适合结构优化这种较贵的任务的。可以用PBE-D3做结构优化，然后在纯泛函级别下计算一次能量，让RI-MP2读取纯泛函级别计算得到的波函数当初猜再算能量。另外，你输入文件里真空层很大，猜测你可能是想当孤立体系计算，计算孤立体系的话用高斯或者ORCA这样的量子化学计算软件可能更能满足你需要。另外，社长的gmx培训班里也专门讲过浸在水里的碳纳米管的模拟，考察了水在碳纳米管附近的分布、也可以提取出碳纳米管和水的相互作用能。

作者
Author: 18528305743 时间: 2024-7-6 19:08

吞木木发表于 2024-7-5 17:01
https://groups.google.com/g/cp2k/c/V6wsxjR39Fs/m/taL6CO3aBQAJ
https://groups.google.com/g/cp2k/c/HB ...

感谢大佬的回复，这是他的输出文件，请大佬查看一下。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-7 17:35
一个孤立碳纳米管片段，边缘必须用氢饱和，哪能像这么悬着。
当前各种瞎设，一个孤立体系优化算什么应力张量。MP2优化这种体系又巨慢又没任何额外的好处。SCREEN_ON_INITIAL_P TRUE居然还不读合理的波函数当初猜，缺乏HF/杂化泛函计算的最基本常识，而且一个孤立体系设什么库仑截断CUTOFF_RADIUS 4.9，完全莫名其妙。仔细看《CP2K做杂化泛函计算的关键要点和简单例子》http://sobereva.com/690了解点基本常识。这么个孤立体系的计算，而且还是要算相互作用能，用PSOLVER wavelet当非周期性计算比你用PERIODIC当三维周期性计算好得多。对于一个严重不合理的结构而且是没有意义的计算，问报错怎么解决毫无意义。

你对CP2K的使用知识了解得一塌糊涂。前面有人说了，拿量化程序算这个是更好的选择，如果非要用CP2K的话，强烈建议通过北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）好好系统性学学，否则不可能得到有意义的结果。

作者
Author: 18528305743 时间: 2024-7-8 12:22

sobereva 发表于 2024-7-7 17:35
一个孤立碳纳米管片段，边缘必须用氢饱和，哪能像这么悬着。
当前各种瞎设，一个孤立体系优化算什么应力张 ...

抱歉老师，我输入文件写错了，我想写的是周期性体系，c那里应该不是20，感谢老师批评指正

作者
Author: 18528305743 时间: 2024-7-8 12:26

Stardust0831 发表于 2024-7-6 09:39
RI-MP2标度为O(N5)，本身就远比纯泛函其昂贵，是不适合结构优化这种较贵的任务的。可以用PBE-D3做结构优化 ...

好的，谢谢老师指点，我想做的是用RIMP2试着算一下碳和水的相互作用，模拟的是周期性体系，那个c写错了，不是20。老师请问有培训班这个浸在水里的碳纳米管模拟的讲解吗？我还是新手想着学一下

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Author: sobereva 时间: 2024-7-8 12:45

18528305743 发表于 2024-7-8 12:26
好的，谢谢老师指点，我想做的是用RIMP2试着算一下碳和水的相互作用，模拟的是周期性体系，那个c写错了， ...

这个属于非常具体、专一的问题，培训里不可能恰好有这么个例子。但培训里讲的内容和示例，足矣令你能够举一反三正确合理计算当前这个问题。

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