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标题: 请教dmol3计算表面吸附物种吸附自由能时自由能矫正的计算方法 [打印本页]

作者
Author: 白皛白 时间: 2024-7-5 17:17
标题: 请教dmol3计算表面吸附物种吸附自由能时自由能矫正的计算方法
老师们好

最近需要使用dmol3算一个表面吸附的体系，在下之前常用的是VASP，对dmol3不是很熟悉，想请教下使用dmol3计算频率做自由能矫正的方法相关的问题。
1，是否其它设置保持结构优化时的参数，然后像图中这样在frequency选项卡中选择要做频率计算的原子作为HessianAtoms就可以了呢？ (, 下载次数 Times of downloads: 23)
2，关于频率计算耗时的问题，是否也是做6*N个离子步就完成了呢？譬如我选择了6个原子作为HessianAtoms，之后在结构优化的基础上再额外做36步离子步作为频率计算就可以完成任务呢？
以上就是我的一些疑问，感谢各位老师和高手能不吝赐教。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-7-5 22:16
1、如果你要计算的是部分频率，那就需要把需要参与频率计算（也就是实施有限位移）的原子进行你描述的操作，同时还要在勾选frequency的基础上勾选Calculate partial Hessian。
2、计算量是6*N，这里的N指的是你选中为HessianAtoms的原子数。
3、Partial Hessian的计算实际上是给过渡态精修TS opt来用的，所以这种情况给不出热化学数据，如果非要用Partial Hessian去处理热化学数据，可以将计算得到的频率导出用ase进行后处理或者自己用excel算。
4、如无意外不推荐勾选Use coarse-grained parallel，否则程序会将用于力差分而产生有限位移的结构在不同的核上平行跑，但对于DMol3这种做法效率不是很高。

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